1. T. C. İStanbul cumhuriyet başsavciliğI

1 - Ergenekon Başkanlığı

2- İstihbarat Dairesi Komutanlığı

3- İstihbarat Analiz ve Değerlendirme Dairesi Komutanlığı

4- Operasyon Dairesi Komutanlığı

5- Finansman Daire Başkanlığı (Sivil)

6- Örgüt İçi Araştırma Dairesi Komutanlığı

7- Teori Tasarım ve Plânlama Dairesi Başkanlığı (Sivil)”

Bu ünitelerin komutan ve başkanları birbirlerini tanımalarında hiç bir sakınca olmamakla birlikte, birbirlerinin görev ve sorumluluk alanlarını bilmemeleri esası, Ergenekon'a istihbarat örgütleri içinde ayrıcalıklı bir özellik ve güvenlik kazandıracaktır.” , “…Bu 6 ünitede görev alacak ajanlar, kendi bölümlerinin komutan ve başkan asistanları dışında diğer üniteler ve personel ile hiç bir şekilde irtibat kuramamalıdır...”

Aynı bölümün devamında “…Örgütün üst düzey yöneticileri ile personel ve ajanlar arasında mutlak mesafe olmalıdır. Aksi halde başarısız bir operasyon sonucunda üst düzey yöneticilerinin korunması sağlanamayacağı gibi, örgütün kendisi riske atılmış olur ve örgütün imajı korunamaz. Üniteler arasında enformasyon değerlendirmesinde ayrıcalık tanınabilecek tek bölüm "Operasyon Dairesi Komutanlığı"dır. Çünkü elde edilen enformasyon analiz ve değerlendirilmesinde gerektiği hallerde katkısı olabilir.” denilmektedir.

Bu şekilde örgütün “hücre” denilen yapılanma şeklini benimsediği anlaşılmaktadır.

Dokümanın “Kontrol Dairesi” başlıklı bölümünde; “…Bu dairenin varlığından Ergenekon Örgütü Başkanı/Komutanından başkaca hiç kimsenin bilgisi olmaması kesin bir gerekliliktir. Operasyonlarda yer alması zorunlu olan bu dairede yer alan ajanların ilk görevi; operasyon alanı içinde bulunmak, operasyon esnasında temizleme ve ortadan kaldırma gibi işlemlerde doğabilecek sorunları çözümlemektir. İkinci bir görevleri, karşı istihbarat örgütlerine geçen, yakalanan veya operasyon amacına aykırı hareket eden herhangi bir ajanı öldürmektir. Bir ajanın sonu başlangıcında olduğunun ilk işareti, örgüte ve ajanlarına karşı sorumluluk alanında yarar sağlamamaya başladığı süreçtir. Kontrol Dairesinde görevlendirilecek ajanlar, mutlaka Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinden ve özel operasyon ünitelerinden çok dürüst, güvenilir kişilerden seçilmelidir. Bu ajanlar merhametsiz olmalı ve bağımsız görev yapabilmelidirler. Emirleri doğrudan Ergenekon Komutan'ından almalıdırlar, üst yöneticiler ve örgüt personeli ile ajanları tarafından bilinmemelidirler…” denilmiştir.

Buradaki saptamalar ERGENEKON SİLAHLI TERÖR ÖRGÜTÜ’ nün ayrıca yoruma yer vermeyecek şekilde gizlilik, katı hiyerarşik kural ve uygulamalarını göstermektedir.

Soruşturma evrakı içeriğine göre, kendisinden el bombaları, patlayıcı ve suikast silahı ele geçirilen Özel Kuvvetler Komutanlığından emekli Fikret EMEK’ in örgütün yukarıda anlatılan “Kontrol Dairesinde” görevli bir üyesi olduğu anlaşılmıştır.

Ergenekon dokümanında belirtilen organizasyon planında, 4 örgüt biriminin başında asker, 2 örgüt biriminin başında sivil şahısların yer alacağı, yine bu iki sivil şahsın yanında bir asistan ve bölüm uzmanı adı altında yardımcılarının bulunacağı belirtilmiş, bu ayrım ile örgütün askeri ve sivil olarak iki temel yapılanması sistematik olarak ortaya konulmuştur.

Soruşturma kapsamında ERGENEKON SİLAHLI TERÖR ÖRGÜTÜ’ nün yukarıda belirtilen askeri yapılanmasının bütün daireleri deşifre edilememiş ise de sivil yapılanması olan “Lobi” birçok birimi ile birlikte deşifre edilmiştir.

Soruşturmada elde edilen Lobi - Aralık 1999 İstanbul isimli örgüt dokümanın Organizasyon planı” başlığı altında; Lobi’nin organizasyon planının anlatılarak bu yapının,

1-Merkez

2-Araştırma ve bilgi toplama

3-Analiz ve değerlendirme

4-Finans ve ticaret

5-Kültür ve bilim

6-Teori ve senaryo

7-İletişim ve propaganda