1597 yil 27-avgustda Xideyoshi Pusanda qolgan 50 mingni kuchaytirish uchun 100 ming qo'shinni olib ketadigan 1000 ta kemadan iborat armada yubordi. Ushbu bosqin oddiyroq maqsadga ega edi - shunchaki Xitoyni bosib olish o'rniga, shunchaki Koreyani bosib olish. Biroq, bu safar Koreya armiyasi ancha yaxshi tayyorlandi va yapon bosqinchilarini oldinda qattiq shafqatsizlik kutib turardi.
Imjin urushining ikkinchi bosqichi ham yangilik bilan boshlandi - Yaponiya harbiy-dengiz floti Chilcheollyang jangida Koreya dengiz flotini mag'lubiyatga uchratdi, unda 13 koreys kemasidan tashqari barchasi yo'q qilindi. Bu mag'lubiyat ko'p jihatdan Admiral Yi Sun-shinning sudda pichirlashgan qaralash kampaniyasining qurboniga aylangani va uning buyrug'idan chetlatilib, qirol Seonjo tomonidan qamoqqa tashlanganligi bilan bog'liq edi. Chilcheollyang falokatidan so'ng qirol tezda afv etdi va Admiral Yi o'rnini egalladi.
Yaponiya Koreyaning butun janubiy sohillarini egallab olishni, so'ngra yana bir bor Seulga yurishni rejalashtirgan. Biroq, bu safar ular Jixonda (hozirgi Cheonan) qo'shma Jozon va Ming qo'shinlarini uchratdilar, ular ularni poytaxtdan uzoqlashtirdilar va hattoki ularni Pusan tomon qaytarishga kirishdilar.
Shu orada, qayta tiklangan admiral Yi Sun-Shin Koreya dengiz flotini 1597 yil oktyabrda Myongnyang jangida eng hayratlanarli g'alabasiga olib keldi. Koreyslar Chilcheollyang fiyaskosidan keyin hamon tiklashga harakat qilishdi; Admiral Yi qo'mondonligida atigi 12 ta kemasi bo'lgan. U 133 yapon kemasini tor kanalga tortib olishga muvaffaq bo'ldi, u erda koreys kemalari, kuchli oqimlari va tosh qirg'oqlari barchasini yo'q qildi.
Yaponiya qo'shinlari va dengizchilaridan bexabar Toyotomi Xideyosi 1598 yil 18-sentabrda Yaponiyada vafot etdi. U bilan birga bu silliq va bema'ni urushni davom ettirish uchun barcha xohish-istaklar vafot etdi. Jangovar o'limidan uch oy o'tgach, Yaponiya rahbariyati Koreyadan umumiy chekinishni buyurdi. Yaponlar orqaga chekinishni boshlaganlarida, ikkala dengiz kuchlari Noryan dengizida so'nggi buyuk jangni o'tkazdilar. Afsuski, navbatdagi ajoyib g'alabaning o'rtasida Admiral Yi adashgan yapon o'qiga tegib, o'zining flagmani kemasida vafot etdi.
Oxir oqibat, Koreya ikki bosqinda taxminan 1 million askar va tinch aholini yo'qotdi, Yaponiya esa 100 mingdan ortiq qo'shinini yo'qotdi. Bu bema'ni urush edi, ammo bu Koreyaga buyuk milliy qahramon va yangi dengiz texnologiyasini - mashhur toshbaqa kemasini taqdim etdi.