Birleşmeden kaynaklanan yeni kimlik, kurumsallaşma ve kurumsal kültür sorunlarının yaşanması, gümrük ve ticaret gibi iki farklı misyonun oluşturduğu yapının sağlıklı olup olmadığı ve sürdürülebilirliğine yönelik tartışmaların devam etmesi, teknolojik altyapının yeterli olmaması. taşra merkez arasındaki iletişimin yetersiz olması. gümrük hizmetlerinin sunulduğu alanlarda güvenli bir çalışma ortamının sağlanamaması, çalışanlara yönelik eğitimler verilmesi ile insan kaynakları kapasitesinin artırılması kurumumuzun gelişime açık yanlarını oluşturmaktadır.
