Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğünün görevleri; Bakanlığın yurtdışı ve uluslararası veya ikili münasebetlerini yürütmek, Türkiye'nin gümrüklerle ilgili uluslararası anlaşma ve sözleşmelere katılmasına dair Bakanlık görüşünü hazırlamak, uluslararası kuruluşların kabul ettiği gümrük ile ilgili anlaşmaları ve bunların değişikliklerini takip ederek uygulamaya intikal ettirilmesini sağlamak, Bakanlığın görev ve faaliyet alanına giren, Avrupa Birliği ile ilgili hususlarda koordinasyonu sağlamak, Avrupa Birliği ile ilgili alanda Hükümetin genel politikasını uygulamaya yönelik tedbirleri almak, uyum ve uygulama çalışmaları ile ilgili işleri yürütmek, Bakanlığın görev alanına giren konulardaki ikili ve çok taraflı anlaşma, sözleşme ve protokolleri gerektiğinde ilgili bakanlık ve kuruluşlarla işbirliği halinde hazırlamak, müzakerelerini yürütmek ve ulusal mevzuata aktarılmasını sağlamak, Bakanlığın görev alanına giren konularda Avrupa Birliği kurum ve kuruluşları ve diğer uluslararası kuruluşlarla gerekli temas ve müzakereleri yürütmek, Bakanlığın dış kaynaklı ve uluslararası nitelikteki program ve projelerini hazırlamak, yürütmek ve gerekli koordinasyonu sağlamak, Bakanlığın dış protokol faaliyetlerini yürütmek, Bakanlığın yurtdışı teşkilatının koordinasyonunu ve etkin işleyişini sağlamak.
