2010 YÜksek lisans tez özetleri
Yüklə 1,75 Mb.
|
- Bu səhifədəki naviqasiya:
- Pertürbe Edilmiş Harmonik Tasvirlerin Genel Bir İncelemesi
- A General Investıgatıon Of Perturbed Harmonıc Mappıngs
- MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI BAYGAR Tuba
- Sternbergia Fischeriana (Herbert) Rupr. Alkaloidlerinin Kimyasal Analizi Ve Biyolojik Aktivitelerinin Belirlenmesi
- Chemical Analysis And Biological Activities Of Alkaloids From Sternbergia Fischeriana (Herbert) Rupr.
- Kolza’ nın (Brassica napus L.) Transgen Yönünden Araştırılması
- Transgenic Investigation of Canola (Brassica napus L.)
- Tek Yumurta İkizlerinde Metilasyon Analizleri
- Methylation Analyses On Monozygotic Twins
- Arpa (Hordeum Vulgare L.) Doku Kültürlerinde Transpozon Analizi
- Transposon Analysis İn Tissue Cultures Of Barley (Hordeum Vulgare L.)
- Model Bitkilerde Transgen Anlatımının Karşılaştırılması
TÜRKTEKİN Fulya Danışman : Prof. Dr. Erhan GÜZEL Anabilim Dalı : Matematik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Erhan GÜZEL Prof.Dr. İ.Müfit GİRESUNLU Prof.Dr. Nazım SADIK Yrd. Doç. Dr. Yaşar POLATOĞLU Yrd. Doç. Dr. Hakan Mete TAŞTAN Pertürbe Edilmiş Harmonik Tasvirlerin Genel Bir İncelemesi Bu tez çalışmasının amacı, kompleks düzlemde bulunan açık birim disk  ’de tanımlı normalize edilmiş yön-koruyan harmonik yalınkat fonksiyonların (eşdeğer kullanımla tasvirlerin) analitik kısımlarının açık birim diskte tanımlı analitik yalınkat fonksiyon sınıflarından biri olan  sınıfına ait olması halinde, genişleme ve distorsiyon teoremlerini bulmak, eş-analitik kısmın Taylor açılımındaki katsayıların modülleri için bir katsayı eşitsizliği belirlemek ve daha genel anlamda, ’de tanımlı ve analitik kısmı herhangi bir fonksiyon sınıfına ait normalize edilmiş yön-koruyan harmonik fonksiyonlar için analitik ve eş-analitik kısımların Taylor açılımlarındaki katsayıların modülleri arasında yeni bir katsayı eşitsizliği vermektir.
Beş bölümden oluşan bu çalışmanın birinci bölümü, analitik yalınkat fonksiyonlar teorisi ve harmonik fonksiyonlar teorisi üzerine yapılmış çalışmaların tarihçesine ayrılmıştır. İkinci bölüm;çalışmanın amacı dahilindeki problem çözümlerine ulaşmak için kullanacağımız tanım ve teoremleri içeren dört alt bölümden oluşmaktadır. Buna göre;Bölüm 2.1’de analitik yalınkat fonksiyonlar ve bu fonksiyonların bir alt sınıfı olan Üçüncü bölümde; Bölüm 4’de verdiğimiz ispatları hangi araçlar üzerinden, nasıl yaptığımız özetlenmiştir. Dördüncü bölümde, tezin amacı kapsamında, analitik kısmı Beşinci bölümde ise, elde edilen bulgular ile ilgili bir değerlendirme yer almaktadır.
The aim of this thesis is to give some distortion theorem, some growth theorem and the coefficient inequalities of harmonic univalent functions which are defined in the open unit disc The present study consists of five parts. In the first part, historical knowledge of the investigation of analytic univalent functions and harmonic functions is presented. The second part includes four sections which contains some definitions and theorems will be needed to obtain the results in the aim of the study. In Section 2.1. the theory of analytic univalent functions and one of these functions’ subclass, In the third part, it is summerized how the proofs in the fourth part are done with respect to the tools used. The fourth part contains, in view of the aim of this thesis, a distortion theorem, a growth theorem, the distortion of Jacobian function, Heinz inequality and a coefficient inequality of the sense-preserving harmonic univalent functions and a coefficient inequality of the sense-preserving harmonic univalent functions for which analytic part is standart univalent functions. An evaluation of this study is placed in the fifth part.
Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Güler TEMİZKAN Prof. Dr. Avni KURU Prof. Dr. Nazlı ARDA Prof. Dr. Güneş UÇAR Prof. Dr. Keriman GÜNAYDIN Sternbergia Fischeriana (Herbert) Rupr. Alkaloidlerinin Kimyasal Analizi Ve Biyolojik Aktivitelerinin Belirlenmesi Bu çalışmada, Sternbergia fischeriana (Herbert) Rupr. bitkisi soğanlarının alkaloidce zengin ekstresi antioksidan, genotoksik, sitotoksik ve antilkolinesteraz aktivitesi bakımından incelenmiş ve taşıdığı alkaloidlerin kolon ve ince tabaka kromatografisi yöntemleriyle fraksiyonlandırılması ve izolasyonu yapılarak ekstredeki ana alkaloid olan likorin maddesi elde edilmiştir. S. fischeriana (Herbert) Rupr. soğanlarının alkaloidce zengin ekstresinin antioksidan aktivite potansiyeli başlıca iki yöntem olan DPPH (1,1-Difenil-2-pikrilhidrazil) serbest radikal giderim yöntemi ve β-karoten-linoleik asit yöntemleriyle incelenmiştir. Ekstrenin genotoksik aktivitesi Allium testi uygulanarak araştırılmış, Brine Shrimp metodu ile ise sitotoksisitesi belirlenmiştir. Ekstrenin ve likorinin antikolinesteraz aktivitesi ise başlıca iki enzime, asetilkolinesteraz (AChE) ve butirilkolinesteraz (BChE), karşı % inhibisyon olarak ölçülmüştür. Bitkinin alkaloidlerini elde etmek için S. fischeriana (Herbert) Rupr. yumrularından (soğanlarındaki) hazırlanan direkt metanol ekstresinden alkaloidce zengin kloroform ekstresi elde edilmiş, bu ekstreden de kolon kromatografisi ve müteakiben preparatif ince tabaka kromatografisi yöntemleriyle elde edilen alkaloidlerden likorin kristalizasyonla saflaştırılmıştır. Saflaştırılan bu alkaloidin yapısının (–)-likorin olduğu tek ve çift dimensiyonlu nükleer manyetik rezonans (NMR) spektroskopisi, infrared (IR) ve kütle spektroskopisi teknikleri ile aydınlatılmıştır. S. fischeriana (Herbert) Rupr. alkaloid ekstresinin antioksidan aktivitesi değerlendirildiğinde, ekstrenin yüksek bir DPPH serbest radikal giderim aktivitesi gösterdiği, ancak β-karoten - linoleik asit yönteminde daha düşük aktivite gösterdiği yani lipid peroksidasyonunu inhibe etme kapasitesinin zayıf olduğu belirlenmiştir. S. fischeriana (Herbert) Rupr. alkaloid ekstresinin Brine Shrimp Toksisite analizine göre sitotoksik etki gösterdiği sonucuna varılmıştır. Genotoksisitenin belirlenmesi amacıyla uygulanan Allium testi sonucunda ise S. fischeriana (Herbert) Rupr. alkaloid ekstresinin Allium cepa kök ucu meristem dokusunda mitoz bölünmekte olan hücreleri etkileyerek, mitoz bölünmeyi baskıladığı ve uygulanan ekstrenin doz artışına bağlı olarak kromozomal anormalliklere neden olduğu, anormal bölünen hücre sayısının da doza bağlı olarak arttığı belirlenmiştir. Çalışma sonucunda, S. fischeriana (Herbert) Rupr. alkaloidce zengin soğan ekstresinin oldukça yüksek antikolinesteraz aktivite gösterdiği, fakat BChE enzimine karşı AChE’den daha yüksek inhibisyon gösterdiği belirlenmiştir. Buna karşın, saf alkaloid likorinin AChE enzimine karşı daha yüksek inhibisyon göstermesi alkaloid ekstresinin içinde BChE enzimini inhibe edecek alkaloid yüzdesinin daha fazla olabileceğine işaret etmiştir. Elde edilen tüm veriler, ileride yapılacak çalışmalara kaynak oluşturabilecek nitelikte olup, konu üzerindeki araştırmalar devam edecektir.
In this study, the alkaloid-rich extract of bulbs of Sternbergia fischeriana (Herbert) Rupr. was evaluated for its antioxidant, cytotoxic, genotoxic and anticholinesterase activities, and the main alkaloid lycorine was obtained by fractionation and isolation studies through column and preparative thin layer chtomatography from its alkaloid-rich extract. The antioxidant activity potential of the alkaloid-rich extract of the bulbs of S. fischeriana (Herbert) Rupr. was investigated, namely by two complementary test systems, the DPPH (1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl) free radical scavenging method and total antioxidant activity (-carotene - linoleic acid) method. Genotoxic activity was investigated by the application of the Allium test while Brine Shrimp Toxicity Assay was used for evaluating the cytotoxicity of the extract. Anticholinesterase activity of both extract and lycorine was measured against the two enzymes, acetylcholinesterase (AChE) and butyrylcholinesterase (BChE), as inhibition (%) value. For the isolation of alkaloids of S. fischeriana (Herbert) Rupr. from the prepared bulb extract, an alkaloid-rich chloroform extract was first obtained, and then alkaloids were obtained through column chromatography from this extract, and subsequently by preparative thin layer chromatography technique was used to afford lycorine which was purified by crystallization. The structure of this pure alkaloid was elucidated as (-)-lycorine based on 1D- and 2D-NMR (Nuclear Magnetic Resonance), IR (Infrared) and Mass spectroscopic techniques. Taking into consideration of the antioxidant activity results, the alkaloid extract exhibited high DPPH free radical scavenging activity, although the total antioxidant (lipid peroxidation inhibition activity) activity was found to be low which indicated a weak inhibition capacity of the extract on the lipid peroxidation. S. fischeriana (Herbert) Rupr. alkaloid-rich extract also showed cytotoxic effect on the Brine Shrimp Toxicity Assay. According to the results of Allium test for genotoxicity, S. fischeriana (Herbert) Rupr. alkaloid extract is depressed the mitosis by affecting the meristematic cells of Allium cepa roots during mitosis, and caused increased chromosomal aberrations as dose-dependent manner. The chromosomal aberrations were further increased by the increase of dose and application time. As the result, the S. fischeriana (Herbert) Rupr. bulb alkaloid extract exhibited high anticholinesterase activity showing higher inhibition value to the BChE enzyme rather than AChE. In contrary, a higher inhibition value was obtained by the isolated pure (-)-lycorine against AChE enzyme. These results indicate that the alkaloids may play a role as BChE inhibitors rather than AChE and probably are present in the extract with a higher percentage. The data obtained here are expected to constitute a base for the further studies, and the studies on S. fischeriana (Herbert) Rupr. will be continued.
Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Güler TEMİZKAN Prof. Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Prof. Dr. Şule ARI Doç. Dr. Tijen OĞRAŞ Yard. Doç. Dr. Ercan ARICAN Kolza’ nın (Brassica napus L.) Transgen Yönünden Araştırılması Bu çalışmada, ülkemizde yaygın olarak ekimi yapılan kanola bitkisinin (Brassica napus L.) Californium, Jura, Elvis ve Orkan varyetelerinin klasik ve çoklu PZR teknikleri kullanılarak transgen analizlerinin yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, öncelikle kanola varyetelerinin doku kültürleri kuruldu ve doku kültüründe yetişen bitkiciklerden genomik DNA izolasyonları gerçekleştirildi. Kanola varyetelerinin transgen analizleri için, klasik ve çoklu PZR teknikleri kullanılarak, Californium, Jura, Elvis ve Orkan varyetelerinde 35S ve pNOS promotör bölgeleri tarandı. Buna ek olarak çalışmamızda PZR tekniğinin doğruluğunu test etmek için housekeeping gen olarak NAD gen bölgesinden yararlanıldı. Çalışmada elde edilen bulgular doğrultusunda, Türkiye’ de ekimi yapılan Californium, Jura, Elvis ve Orkan varyetelerinin 35S ve pNOS promotör bölgeleri bakımından transgen oldukları saptandı. Bu bulguları ek olarak her dört varyete de 35S ve pNOS promotör bölgesi açısından çoklu giriş olduğu belirlendi. Transgenic Investigation of Canola (Brassica napus L.) In this study, transgenic investigation of Californium, Jura, Elvis and Orkan varieties of canola which are cultivated widely in Turkey, using classic and multiplex PCR techniques has been aimed. With this purpose, tissue cultures of canola varieties were established and total DNA isolation were performed with plants which were grown in tissue culture. For the canola varieties’ transgene analyses, Californium, Jura, Elvis ve Orkan varieties’ 35S and pNOS promoter region were scanned with using classic and multiplex PCR techniques. To test the accuracy of the PCR techniques, also NAD gene region which is the Housekeeping gene has been benefited. According to the findings of the study, it has been detected that Californium, Jura, Elvis and Orkan varieties’ which are cultivated in Turkey are transgen with regard to 35S and pNOS promoter region. In addition of these findings, it has been determined each four varieties have multiple insertion in terms of 35S and pNOS promoter regions. ŞAHİN Kaniye Danışman : Prof. Dr. Nermin Gözükırmızı Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof. Dr. Nermin Gözükırmızı Prof. Dr. Avni Kuru Prof. Dr. Keriman Günaydın Prof. Dr. Şule Arı Prof. Dr. Ahmet Zehir
Epigenetik değişimler, primer DNA dizisindeki değişimleri kapsamayan, kalıtımla aktarılabilen modifikasyonlardır. Bu modifikasyonlardan biri olan DNA metilasyonu, genom stabilitesi, X kromozomu inaktivasyonu ve imprinting gibi önemli hücresel fonksiyonları düzenler. DNA metilasyonu, memeli genomlarının transkripsiyonel durumlarını değiştiren en kararlı epigenetik modifikasyondur. Anormal metilasyon düzenlerinin birçok ciddi patolojik sonuç ile ilişkili olduğu kanıtlanmıştır. Tek yumurta ikizleri, aynı zigottan meydana geldikleri için aynı genotipe sahiptirler. Bununla beraber, ikiz kardeşler sıklıkla hastalıklara yatkınlık ve çok çeşitli morfolojik özellikler gibi bir çok fenotipik farklılık gösterirler. Bunun gibi birbirine uymayan durumlar, genellikle çevresel ve epigenetik etmenlere dayandırılmıştır. Tek yumurta ikizlerinin genetik olarak aynı oldukları var sayıldığı için, kompleks hastalıklar ve fenotipte çevresel faktörlerin etkisini araştırmak için ideal deney modelleri olarak kabul edilmişlerdir. Bu tez projesinde 16 çift tek yumurta ikizi ve 8 çift çift yumurta ikizinde sitozin metilasyonu analizleri, CRED-RA (“Coupled Restriction Enzyme Digestion-Random Amplification”) yöntemi ile gerçekleştirildi. Genomik DNA izolasyonu için lenfosit hücreleri ve CRED-RA analizleri için 5’-GATGACCGCC-3’ primeri kullanıldı. Kullanılan primer için her ikiz çiftinde kendine özgü DNA profili gözlendi. Bazı tek yumurta ikizi çiftleri yüksek derecede metilasyon benzerliği gösterirken %56.2’sinin metilasyon profilleri belirgin şekilde farklılık gösterdi. Monozigotik ikizlerin CRED-RA analizlerindeki bu farklı amplifikasyon ürünleri, belirgin sitozin metilasyon farklılıklarını göstermekte ve tek yumurta ikizlerinin bireysel tanısı yönünden yararlı olabileceği düşünülmektedir. Methylation Analyses On Monozygotic Twins Epigenetic changes are heritable modifications that do not comprise changes in the primary DNA sequence. Being one of these modifications, DNA methylation regulates crucial cellular functions such as genome stability, X chromosome inactivation and imprinting. DNA methylation is the most stable epigenetic modification modulating the transcriptional states of mammalian genomes. It has been proven that aberrant methylation patterns are associated with many serious pathological consequences. Monozygotic twins share the same genotype as they have been derived from the same zygote. Despite that, twins frequently display phenotypic differences such as susceptibility to diseases and various morphologic features. Such discordance has mostly been attributed to environmental and epigenetic effects. As monozygotic twins are assumed to be genetically identical, they are recognized as ideal experiment models to study complex diseases and effects of environmental factors on phenotype. In this thesis project, cytosine methylation analyses were performed on 16 monozygotic and 8 dizygotic twin pairs by CRED-RA (Coupled Restriction Enzyme Digestion-Random Amplification) method. Lymphocyte cells were used for genomic DNA isolation and 5’-GATGACCGCC-3’ primer for CRED-RA analyses. Each twin pair had their own CRED-RA analysis profile with tested primer. Some monozygotic twin pairs showed a high degree of methylation concordance, whereas 56.2% differed markedly in their methylation profiles. Different amplification products in monozygotic twins during CRED-RA analyses indicated evident cytosine methylation alterations which could be useful for individual identification of monozygotic twins. EVRENSEL Can Danışman : Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Prof. Dr. Güler TEMİZKAN Prof. Dr. Avni KURU Prof. Dr. Keriman GÜNAYDIN Prof. Dr. Meral ÜNAL Arpa (Hordeum Vulgare L.) Doku Kültürlerinde Transpozon Analizi Bitki doku kültürü sırasında oluşan genetik ve epigenetik varyasyonlar bitki genotipini, fenotipini ve rejenerasyonunu etkilemektedir. Bu nedenle de özellikle kallus gelişimi sırasında oluşan varyasyonların genetik veya epigenetik oluşumlarla ilgili mekanizmalarının belirlenmesi önemlidir. Bu tez çalışmasında, önemli tahıl bitkilerinden arpada (Hordeum vulgare L.) doku kültürü koşullarının transpozon hareketlerine etkilerinin moleküler markör yöntemleriyle araştırılması amaçlandı. Bu amaçla arpa olgun embriyolarından kallus kültürleri kurularak eksplant ve kallus kültürlerinde karşılaştırmalı olarak IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) markör tekniği kullanılarak transpozon hareketleri incelendi. Transpozon olarak, arpa genomunun % 9,6’sını oluşturan ve aktif gen ürünü bulunan BARE-1 retrotranspozonun hareketleri araştırılmıştır. Çalışma sırasında IRAP temelli 10 primer ile 25 farklı kombinasyon kullanıldı. 30, 45 ve 60 günlük kallus materyelinden izole edilen DNA'larda varyasyonun, ana eksplant olan olgun embriyo materyeline göre, kallus yaşına bağlı olarak % 14 – 25 oranında arttığı gözlendi. 30 günlük kallus ile 45 günlük kallus arasındaki benzerlik % 84 iken, 30 günlük kallus ile 60 günlük kallus arasındaki benzerlik % 79 oranında, 45 günlük kallus ile 60 günlük kallus arasındaki benzerlik ise % 76 oranında hesaplandı. Arpa doku kültürlerinin farklı aşamalarında transpozon hareketlerinin anlaşılmasına yönelik çalışma bulunmamaktadır. Bulguların genetik mühendisliği çalışmalarında daha doğru sonuçlar alınmasında yararlı olması, aynı zamanda transpozon hareketlerinin bitki doku kültürlerinde özellikle kallus oluşumu ve rejenerasyon yeteneği gibi özelliklerinin anlaşılmasına katkı sağlaması beklenmektedir.
Genetic and epigenetic variations occurring throughout plant tissue culture affect plant genotype, phenotype and regeneration. Therefore, it is important to determine the mechanisms related to genetically or epigenetically based formations of the variations, especially occurring in the course of callus development. The aim of the thesis is to investigate the effects of the tissue culture conditions on the movements of transposons, using molecular marker techniques, in barley (Hordeum vulgare L.), one of the important cereal plants. To this end, transposon movements have been observed using comparative IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) marker technique in explant and callus cultures by establishing callus cultures from mature barley embryos. The movements of the retrotransposon, called BARE-1 – a transposon both constituting 9.6 % of the barley genome and having an active gene product – have been observed. During the investigation, 10 IRAP based primers have been used in 25 different combinations. The variation of DNA isolated from 30, 45 and 60 days old calli, have been found to increase 14 – 25 %, depending on the mature embryo material – the main explant – and on the age of callus. While the similarity between 30 days and 45 days old calli is 84 %, it is 79 % between 30 days and 60 days old calli and it is 76 % between 45 days and 60 days old calli. There are no studies directed to the comprehension of transposonal changes in different stages of barley tissue cultures. The findings are expected to contribute in genetic engineering studies in getting better results at the same time to understand, how transposons contribute to features like tissue culture – especially callus tissue – formation and the ability of regeneration thereof. TUFAN Feyza Ayşe Danışman : Doç.Dr. Filiz GÜREL Anabilim Dalı : Moleküler Biyoloji ve Genetik Mezuniyet Yılı : 2010 Tez Savunma Jürisi : Doç.Dr. Filiz GÜREL Prof.Dr. Avni KURU Prof.Dr. Nermin GÖZÜKIRMIZI Prof.Dr. Şule ARI Doç.Dr. Hakan BERMEK Model Bitkilerde Transgen Anlatımının Karşılaştırılması Bu çalışmada, model bitkilerden olan arpa (Hordeum vulgare L.) ve tütünde (Nicotiana tabacum L.), Agrobacterium tumefaciens aracılığıyla gen aktarımı yapılarak yabancı genlerin (transgen) anlatım düzeylerinin belirlenmesi amaçlandı. Tokak 157/37 olgun embriyolarında, Agrobacterium tumefaciens’in EHA105 ve AGL-1 ırklarının GUS geni anlatımındaki etkisi incelendi. Bu ırkların transformasyon verimliliği üzerindeki etkisi karşılaştırıldığında AGL-1 ırkının EHA105’e göre daha verimli olduğu gözlendi. Golden promise ve Tokak 157/37 olgun embriyolarına EHA105 aracılığıyla gen aktarımından 30 gün sonra iki çeşit, seçici besiyerindeki canlılık açısından karşılaştırıldığında, Tokak 157/37 çeşidinde daha başarılı sonuçlar elde edildi (Tokak 157/37: %21,2; Golden promise: %11,6). Seçici besiyerindeki 30 günlük bitkilerden RNA izole edilerek, RT-PZR yöntemi ile GUS ve NPT II genlerinin anlatımı kontrol edildi. Yapılan çalışmalarda, Golden promise çeşidinde toplam 9 bitkiden 4’ünde GUS ve 2’sinde NPT II gen anlatımı gözlenirken, Tokak 157/37 çeşidinde 9 bitkinin 3’ünde zayıf düzeyde GUS, 3’ünde ise NPT II gen anlatımları tespit edildi. EHA105 Agrobacterium ırkı aynı zamanda tütün bitkisinin Samsun çeşidinde de denendi. Gen aktarımından 30 gün sonra, histokimyasal olarak test edilen dokuların tümünde değişen oranlarda yaygın şekilde GUS aktivitesi gözlendi. Transgen anlatımlarının analizleri, transformasyon verimi ve gen anlatım kararlığını incelemede önem taşımaktadır. Çalışmada elde edilen sonuçlar bazı bitkilerde genoma entegre olan genlerin 30 günlük kültür sürecinde anlatım yapmaya devam ettiğini göstermiştir. Golden promise çeşidine ait bitkiler Tokak 157/37’ye göre seleksiyon şartlarından daha fazla etkilenmesine karşın, bu bitkilerdeki transgen anlatım düzeyi daha yüksek bulundu.
Yüklə 1,75 Mb. Dostları ilə paylaş:
|