Key words: Forensic entomology, Diptera, Calliphoridae, Sarcophagidae, Muscidae, Succesion.
MAYTALMAN Dilara
Danışman : Doç. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ
Anabilim Dalı : Biyoloji
Programı : Botanik
Mezuniyet Yılı : 2011
Tez Savunma Jürisi : Doç. Dr. Gül CEVAHİR ÖZ
Prof. Dr. Muammer ÜNAL
Yrd. Doç. Dr. Serap ÇAĞ
Prof. Dr. Orhan KÜÇÜKER
Yrd. Doç. Dr. Yıldız AYDIN
Buğday (Triticum Aestivum L.) Proteomik Çalışmalarında Yeni Nesil İki Boyutlu Sıvı Kromatografi (2d-Lc) Sisteminin Kullanımı
Proteom çalışmaları, bir biyolojik sistemde, belirli bir evrede mevcut biyolojik süreçlerde görevli olan tüm proteinlerin analiz edilmesine olanak sağlar. Bu çalışmalar, özellikle bitkilerde son derece karmaşık olan biyotik/abiyotik stres toleransı cevabında etkin veriler ortaya koyması nedeniyle önemlidir. Ancak diğer organizmalarla karşılaştırıldığında bitkilerde proteomik çalışmaların son derece az olduğu görülmektedir. Bunun en önemli nedenleri bitkisel dokulardaki sert hücre çeperleri, çok çeşitli pigmentlerin ve sekonder metabolitlerin varlığı nedeniyle ortaya çıkan metadolojik sıkıntılardır. Sunulan tez çalışması kapsamında, yeni nesil teknolojilerden yararlanılarak bu sıkıntıların azaltılması ve bitkilerde proteomik çalışmaların yaygınlaştırılmasına katkı sağlanması hedeflenmiştir.
Proteom çalışmalarında çeşitli evrelerde bulunan farklı birçok hücrenin oluşturduğu dokuların parçalanması sonucunda meydana gelen protein karışımının ayrılması gereklidir. Protein karışımlarının ayrımında iki boyutlu jel (2D-PAGE) sistemleri günümüzde halen yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak bu yöntemin önemli dezavantajları nedeniyle son yıllarda iki boyutlu sıvı kromatografi (2D-LC) sistemleri geliştirilmiştir. Bu sistemler çok sayıda total protein örneğinin daha hızlı, güvenilir ve güçlü biçimde ayrımı sağlanabilmektedir. Bu nedenle tez çalışması kapsamında bir 2D-LC sistemi olan PF-2D’nin bitki proteomik çalışmalarında kullanılmak üzere optimizasyonu yapılmış ve bu çalışmalar tamamlandıktan sonra da sistemin kullanılabilirliğini ortaya koymak üzere bir model çalışma gerçekleştirilmiştir.
Bu amaçla buğdayda, Puccinia striiformis f. sp. tritici adlı biyotrofik mantarın neden olduğu sarı pas hastalığına dayanıklılıkta rol alan proteinlerin belirlenmesi yönünde çalışmalar yapılmıştır. Enfeksiyonun 72. saatinde, kontrol ve enfekte bitkilerden yaprak örnekleri alınarak protein izolasyonu yapılmış, ardından proteinler PF-2D siteminde iki boyutlu ayrılarak tek tek karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalarda farklı anlatım düzeyi gösteren proteinler LC-ESI-MS/MS ile tanımlanmışlardır.
Dostları ilə paylaş: |
