Cours adressé aux étudiants intéressés par l'algorithmique et ses applications exploitant une quantité importante de données. Les algorithmes sur arbres et graphes qui seront présentés portent sur la résolution de problèmes fondamentaux de bioinformatique tels que la reconstruction de séquences à partir de cartes génétiques, le traitement des arrangements des génomes, la reconstruction des arbres phylogénétiques, la reconstruction de réseaux biologiques.
Expérience du responsable dans le domaine de l’UE
Mes recherches ont porté sur des différents aspects de la logique, de la dynamique symbolique et de la combinatoire. Depuis 2000, j’utilise des outils mathématiques (statistiques et combinatoire) et des approches algorithmiques pour étudier les principes de bases du fonctionnement cellulaire en partant de données génomiques. Les recherches développées au sein de mon équipe portent sur le développement de méthodes pour la détection de protéines à faible homologie, la détection des interfaces d’interaction entre protéines, la co-évolution, la comparaison des génomes et l’auto-assemblage de molécules d’ADN.
