Ce cours de bioinformatique s'adresse aux étudiants intéressés par l'algorithmique et ses applications exploitant une quantité importante de données. Les algorithmes qui seront présentés sur les séquences biologiques concernent: la recherche de motifs, la comparaison de séquences, la prédiction de gènes, la prédiction de régions promotrices, la prédiction des structures secondaires de l'ARN, le problème d'alignement entre structures de protéines.
Expérience du responsable dans le domaine de l’UE
Mes recherches ont porté sur des différents aspects de la logique, de la dynamique symbolique et de la combinatoire. Depuis 2000, j’utilise des outils mathématiques (statistiques et combinatoire) et des approches algorithmiques pour étudier les principes de bases du fonctionnement cellulaire en partant de données génomiques. Les recherches développées au sein de mon équipe portent sur le développement de méthodes pour la détection de protéines à faible homologie, la détection des interfaces d’interaction entre protéines, la co-évolution, la comparaison des génomes et l’auto-assemblage de molécules d’ADN.
