Yang Dimiliki MA Plus Al-Aqsha Tonjongsari Fasilitas belajar yang tersedia antara lain : 3 (tiga) ruang belajar yang refresentatif, Buku Paket Pelajaran, Komputer Praktif, Lapangan Bola Polly, Lapangan Tenis Meja, dll.
Ada pun Fasilitas Pendukung yang dimiliki antara lain : Masjid Permanen, WC Pria dan Wanita, Kamar Mandi, Pekarangan Sekolah untuk kegiatan di luar sekolah, dll.
Keunggulan lain MA Plus Al-Aqsha Tonjongsari yaitu keberadaan kampus dalam satu lingkungan dengan asrama dari Pondok Modern Daar Al-Aqsha serta berada satu lingkungan dengan dua pesantren besar lainnya dalam radius kurang dari 1 (satu) KM.
Saat ini MA Plus Al-Aqsha sedang menjalankan pembangunan Ruang Kelas Baru sebanyak 3 (tiga) ruang kelas dan bengunan kantin sekolah. Tahap pembangunan sudah mencapai 65%.
