25 décembre 1716 : à Rouen, 6 curés de la ville écrivent à Mgr l’Archevêque d’Aubigné pour contester la bulle Unigenitus publiée 3 ans auparavant. Rouen rentre dans la querelle janséniste. Mgr d’Aubigné défend fermement le pape (contrairement à d’autres évêques). Jean- Baptiste a toujours soutenu publiquement le pape. Pour lui la querelle janséniste est une tragédie. Dans sa famille, le plus jeune de ses frères, lui aussi prêtre, prendra position contre la bulle. Dans son Institut des écoles des frères verront leurs subventions paroissiales supprimées comme à Calais et Boulogne, ou la pension des frères non versées comme à Darnétal.
