Anlaşma’nın 2. maddesine göre fakülte dekanı, Türkiye üniversitelerindeki Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı öğretim üyeleri arasından Türk Dünyası Araştırmaları Vakfının önerisi ve Azerbaycan Devlet İktisat Üniversitesi Rektörünün onayıyla atanacaktır12. Türkiye’deki bir üniversitede çalışan öğretim üyesinin dekan olarak görevlendirilmesi halinde ilgili şahsın YÖK’ten izin alması şartı aranacaktır. Yeni anlaşmayla getirilen yeniliklerden biri de fakülte dekanının doğrudan Azerbaycan Devlet İktisat Üniversitesi rektörü karşısında sorumlu olduğunun belirtilmesidir. Önceki anlaşmada dekan rektör veya görevlendireceği bir rektör yardımcısına karşı sorumlu iken, yeni anlaşmada rektör yardımcısı ifadesi geçmemektedir. Yeni anlaşmada yer almayan bir diğer husus da dekan yardımcılığı atamasına ilişkindir. Eski mukavele en çok iki dekan yardımcısı bulunacağı, bunlardan birinin doğrudan, diğerinin ise TDAV’ın görüşü alınarak rektör tarafından atanacağı belirtilmişken, yeni mukavelede dekan yardımcılığı konusunda herhangi bir düzenleme olmadığı görülmektedir. Uygulamada fakülte dekan yardımcılığına kurulduğu günden beri Azerbaycan vatandaşı dekan yardımcıları atanmıştır. Anlaşmayla getirilen ancak sembolik anlamı büyük olan bir yenilik de Türk Dünyası Araştırmaları Vakfı başkanının fakültenin fahri dekanı olarak kabul edilmesidir.
