Hipospadiayanın mualicəsi ancaq cərrahi yolla aparılır. Müalicənin ən uyğun vaxtı 2-3 yaş arasındakı dövrdür. Hipospadiya əməliyyatlarında pülüyun dərisi reosntruksiya üçün lazımlı olduğu üçün uşaq sünnət edilməməlidir. Pubertat dövründən sonra aparılan əməliyyatlarda, qeyri-iradi ereksiyalar nəticəsində əməliyyat sahəsində müxtəlif tipli ağırlaşmalara rast gəlinir. Hipospadiyalı uşaqda bəzən meatus stenozuna da rast gəlinir. Bu tip uşaqlarda sidiyə getmədə çətinliklər yaranır, bu səbəbdən meatoplastika və dilatasiya deyilən müdaxilələr aparılır. Əməliyyatları aparmaq üçün müxtəlif ölçülü buj və zondlardan istifadə olunur. Hipospadiya əməliyyatlarına başlamazdan əvvəl, əməliyyatdan sonra tikiş xəttinin sağalmasını ləngidən sidiklə birbaşa təmasının qarşısını almaq üçün diqqətli bir əməliyyat aparmaq lazım gəlir. Urinar diversiya deyilən bu əməliyyatda məqsəd sidiyin istiqamətini dəyişdirməkdir. Bu iki yolla aparılır.
Suprapubik diversiya
Perineal diversiya
Bu müdaxilə əməliyyatdan sonra 10-14-cü günə qədər davam etdirilir. Hipospadiya əməliyyatlarında iki mərhələ mövcuddur.
Xorda rezeksiyası
Uretroplastika
Əgər bu mərhələlər ayrı-ayrı vaxtlarda aparılarsa - iki seanslı, eyni vaxtda aparılarsa - bir seanslı hipospadiya əməliyyatları deyilir.