Atəşkəs. Azərbaycan ordusunun qələbələrindən narahat olan Rusiya Ermənistana hərbi yardımını daha da artırdı. Ermənilər təcavüzü genişləndirdilər. Belə bir şəraitdə Rusiya atəşkəs haqqında Bişkek protokolunu təklif etdi. A.Cəlilov mayın 8-də bu protokolu imzalamaqdan imtina etdi. Onu sonradan Bakıda R.Quliyev imzaladı. Beləliklə, 1994-cü il mayın 12-də atəşkəs əldə edildi. Azərbaycan öz ordusunu yenidən qurmaq üçün vaxt qazandı. Beləliklə Birinci Qarabağ müharibəsi dayandı.
Ermənistanın Dağlıq Qarabağı Azərbaycandan qoparmaq zəminində başlamış Ermənistan-Azərbaycan müharibəsi nəticəsində respublika ərazisinin 20 %-ə qədəri işğal edildi, 20 mindən artıq azərbaycanlı öldürüldü, 50 mindən çox insan yaralandı və əlil oldu, 4 mindən artıq adam əsir alındı və ya girov götürüldü, bir milyondan çox azərbaycanlı qaçqına çevrildi. Erməni işğalı nəticəsində Azərbaycanın 900-dən çox kəndi, 10 şəhəri, 11 şəhər tipli qəsəbəsi, 88 min yaşayış binası, 1000-dən çox iqtisadi obyekti, 250 məktəbi və digər təhsil müəssisəsi, 250 tibb müəssisəsi qarət edildi və dağıdılıb yandırıldı.
İctimai-siyasi sabitliyin möhkəmləndirilməsi.Atəşkəs elan edildikdən sonra Azərbaycan quruculuq işlərinə başladı. Lakin düşmənlərimiz dinc oturmayaraq Azərbaycana qarşı terrorçuluq əməliyyatlarına başladılar. 1994-cü il martın 19-da Baki metrosunun “20 Yanvar” stansiyasında Ermənistanda hazırlıq keçən separatçı ləzgi terror təşkilatı “Sadval”ın üzvləri partlayış törətdilər.Terror nəticəsində 23 nəfər dinc sakin həlak oldu. 1994-cü il sentyabrın 29-da Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin sədr müavini Afiyəddin Cəlilov və Prezident yanında Xüsusi idarənin rəisi Şəmsi Rəhimov qətlə yetirildi.
1994-cü il oktyabrın 4-də Gəncədə S.Hüseynovun tərəfdarları icra hakimiyyətinin binasını tutdular. Bakıda qiyamçıları Baş nazir Surət Hüseynov müdafiə edirdi. Prezident H.Əliyev gecə yarısı televiziya və radio ilə xalqa müraciət etdi. 100 mindən çox adam dövlətçiliyin müdafiəsinə qalxdı və qiyamçılar geri çəkildilər.
1995-ci il martın 13-də Xüsusi Təyinatlı Polis Dəstəsi əməkdaşları Ağstafa və Qazax rayonlarında dövlət idarələrini ələ keçirdilər. Bakıda isə R.Cavadov respublika prezidenti və Ali Sovetin sədrinin istefasını tələb etdi. Qiyamçılar 8-ci kilometr qəsəbəsində qərarlaşmışdılar. Hökumət qüvvələri qiyamçıları zərərsizləşdirdi və dövlət çevrilişinin qarşısı alındı. 1994-1995-ci illərdə xarici qüvvələrin Azərbaycan dövlətçiliyini ləğv etmək planları puça çıxdı.