Bioinformatikadan oraliq nazorat savollari varianti. 1-variant

Bioinformatikadan oraliq nazorat savollari varianti.
1-variant
1.Bioinformatika fani qaysi fanlar bilan bogʻliq fan xissoblanadi? Bioinformatika fani asosan informatika fani bilan bog’liq fan xissoblanadi.Texnologia rivojlanishi bioinformatika rivojlanishga asos bo’ldi bu esa, biologiya sohasidagi yangi kashfiyotlar tez suratda tibbiyot, farmakologiya, kosmetologiya, biotexnologiya, qishloq xo’jaligi, ekologiya va boshqa sohalarda jalb qilinadi. Bioinformatika mustaqil ravishda amaliy ahamiyatga ega bo’lgan natijalar beradi va shuningdek biologiyaning turli sohalarida ishlash uchun sharoit bilan ta’minlaydi. Bioinformatika bo’yicha ishning katta qismi biologik axborotni saqlash va uni tahlil qilish uchun ma’lumotlar bazasidan foydalanishtexnologiyalari atrofiga jamlangan. Bunday ma’lumotlar bazasi ommabop yoki shaxsiy bo’lishi mumkin. Ularga ochiq standartlar orqali ommaviy kirish huquqini olish esa muhim ahamiyat kasb etadi. Garchi ma’lumotlar bazasidan foydalanishga nisbatan bu usullar anchagina keng tarqalgan bo’lsada biologik axborotlarni tahlil qilish uchun ontologiya va mantiqiy usullardan foydalanish rivojlanib bormoqda.
2..BLAST dasturi xaqida ma'lumot bering, Praymer blast…? Organizmlarni identifikatsiyalash odatda nukleotidlar ketma-ketligi tahlili asosida, BLASTn (http://www. ncbi.nlm.nih.gov) ko’p marotabalik to’g’irlash dasturi yordamida ma’lumotlar bazasida GenBank/EMBL/DDBJ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)o’tkaziladi.
BLAST (ingl. Basic Local Alignment Search Tool) - birlamchi nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligini solishtirishga yordam beruvchi algoritm. BLAST algoritmi asosidagi kompyuter dasturlari birlamchi strukturasi (ketma-ketligi) yoki ma’lumotlar bazasidagi fragmenti ma’lum bo’lgan oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini izlab topishga imkoniyat yaratadi (Altschul et al., 1990).
BLAST seriyasidagi dasturlar. Biologik ketma-ketlikni tahlil qilish uchun 3 ta asosiy yondashuv mavjuddir: Nukleotidlar ketma-ketligi tahlili. DNK yoki RNK nukleotidlari ketma- ketligi bilan ishlashga yordam beruvchi algoritmlar to’plami. Blastn («Nucleotide BLAST») dasturi turli xil mablumotlar bazasiga ega bo’lgan nukleotidlar ketma- ketligini solishtirish va gomologik ketma-ketlikni izlab topishga yordam beradi. BLAST yordamida tahlil boshqa algoritmlarga nisbatan ko’p vaqtni oladi, lekin past gomologli ketma-ketliklarni solishtirish imkonini beradi. Megablast 95% gacha yaqin qarindosh nukleotidlar ketma - ketligini solishtirishga mo’ljallangan. Dastur ko’p nukleotid ketma-ketliklarni yagona ketma-ketlikka yig’adi va BLAST baza ma’lumotlarini qidira boshlaydi. Keyin megablast individual ketma-ketlikni solishtirish va statistik ishlov berish uchun olingan ma’lumotlarga ishlov bera boshlaydi. Discontiguous megablast dasturi nukleotidlar ketma-ketligini bazi bir mos kelmaslikka etiborga va olmaslikka yo’l qo’yadi, u farqlanuvchi lekin ketma- ketlikni taqqoslash uchun mo’ljallangan.
3.FASTA nima va qanday bazalar bilan bog’langan. FASTA dagi nukleotid va aminokislota ketmaketliklarini nechtadan taqsimlanib o’rganiladi (qolip soni)?
FASTA nukleotidlar yoki polipeptidlar ketma-ketligi uchun matn formati, unda nukleotidlar yoki aminokislotalar bitta harfli kodlar yordamida belgilanadi^[⇨]. Soddaligi va amaliyligi tufayli hozirda biologik ketma-ketlikni boshqarish dasturlarining aksariyati tomonidan qo'llaniladi^[⇨]. Ushbu formatdagi fayllar ketma-ketlik nomlarini, ularning identifikatorlarini o'z ichiga olishi mumkin^{[ ⇨ ]} ma'lumotlar bazalarida va sharhlarda. Undagi biologik ketma-ketliklarning tabiatiga qarab, FASTA formatidagi fayl turli xil kengaytmalarga ega bo'lishi mumkin^[⇨].FASTA formatidagi ketma-ketliklar bir qatorli tavsif bilan boshlanadi, so'ngra ketma-ketlikni o'z ichiga olgan satrlar. Tavsif birinchi ustunda "ko'proq" (">") belgisi bilan belgilanadi. Ushbu belgining orqasida va birinchi bo'shliqdan oldin so'z ketma-ketlik identifikatoridir^{[ ⇨ ]}, keyin ixtiyoriy tavsif. Keyingi bir nechta satrlarda birinchi nuqta-vergul belgisi bo'lishi mumkin ( " ;") va keyin ular sharh sifatida qabul qilinadi. Hozirgi vaqtda ko'plab ma'lumotlar bazalari va dasturlari sharhlarni taniy olmaydi, shuning uchun ular juda keng tarqalgan emas. Keyinchalik biologik ketma-ketliklarni o'z ichiga olgan satrlar keladi. Odatda, FASTA formatidagi satrlar 80 dan 120 gacha belgilar bilan cheklangan (tarixiy sabablarga ko'ra), ammo zamonaviy dasturlar to'liq bitta satrda yozilgan ketma-ketliklarni taniydi. Bitta faylga bir nechta ketma-ketliklar yozilishi mumkin, shuning uchun ko'p FASTA fayli olinadi, ammo har bir ketma-ketlikdan oldin o'z identifikatori bo'lishi kerak^[13]. FASTA formatidagi bitta ketma-ketlikka misol

Bioinformatikadan oraliq nazorat savollari varianti.