Cahier des clauses techniques particulieres

Institut National de la Recherche Agronomique

Centre de Toulouse – 31326 CASTANET TOLOSAN

CAHIER DES CLAUSES TECHNIQUES

PARTICULIERES

(C.C.T.P.)

Personne publique contractante :
INRA, Centre de Toulouse
24 chemin de borde rouge - Auzeville
CS 52627
31326 CASTANET-TOLOSAN Cedex

OBJET : ACQUISITION D’UN ROBOT PIPETEUR

SOMMAIRE

SOMMAIRE 2

2

ARTICLE 1 – CONTEXTE GENERAL 3

1.1 Présentation de l’INRA 3

1.2 Présentation de GeT-PlaGe 3

Le GeT est le regroupement des plateformes de Génomique et de Transcriptomique toulousaines. 3

ARTICLE 2 – INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS 4

ARTICLE 3 – CAHIER DES CHARGES 5

3.1 Objet du marché 5

3.2 Forme de la réponse 5

3.3 Caractéristiques techniques 6

3.3.1 Contraintes qualité 7

3.3.2 Description matériel 7

Contraintes générales 7

Contraintes qualité (cf 3.3.1) : 8

Les candidats devront préciser : 8

3. 4 Livraison sur site 8

3.5 Formation du personnel de la plateforme 9

3.6 Garantie et maintenance 9

3.7 Admission du matériel 9

Validation des protocoles (cf 3.3) 9

Admission de la solution 10

ARTICLE 1 – CONTEXTE GENERAL

1.1 Présentation de l’INRA

L’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) est un organisme de recherche scientifique publique finalisée, placé sous la double tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et du ministère de l’Alimentation, de l’Agriculture, et de la Pêche.

Ses recherches concernent les questions liées à l’agriculture, à l’alimentation et à la sécurité des aliments, à l’environnement et à la gestion des territoires, avec un accent tout particulier en faveur du développement durable.

Ses missions générales sont :

• 
  de produire et de diffuser des connaissances scientifiques ;
  
• 
  de concevoir des innovations et des savoir-faire pour la société ;
  
• 
  d’éclairer, par son expertise, les décisions des acteurs publics et privés ;
  
• 
  de développer la culture scientifique et technique et participer au débat science/société ;
  
• 
  de former à la recherche et par la recherche.
  

1.2 Présentation de GeT-PlaGe

Le GeT est le regroupement des plateformes de Génomique et de Transcriptomique toulousaines.

L’évolution de la technologie rapproche de plus en plus génomique et transcriptomique. Les plateformes et plateaux toulousains se regroupent pour gagner en lisibilité et apporter de façon coordonnée l’une des offres les plus complètes de France dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique : différentes technologies de puces à ADN, PCR quantitative haut débit en microfluidique, technologie de génotypage adaptées à différents débits, séquenceurs classiques et nouvelles générations.

Ce regroupement donne naissance à la plateforme Génome et Transcriptome de GenoToul, dont l’acronyme est GeT. GeT-PlaGe (INRA) et GeT-Biopuces (INSA), les deux plateformes IBiSA certifiées ISO9001, sont ainsi rejointes par GeT-Purpan et GeT-TQ, plateaux situés sur les campus des CHU de Purpan et Rangueil, ainsi que par GeT-TriX, plateau transcriptome du pôle INRA Toxalim de Saint Martin du Touch.

La plateforme GeT-PlaGe travaille sur le Génotypage de marqueurs génétiques, le séquençage sanger ou nouvelle génération, l’analyse de l'expression des gènes en temps réel, l’extraction automatique d’ADN génomique, la mise à disposition de robots de pointe, le conseil et l’expertise dans le domaine de la génomique.

La montée en puissance du séquençage nouvelle génération pour le reséquençage de génome et la caractérisation de la variabilité génétique, l'étude du transcriptome, de la méthylation de l'ADN, des interactions protéines-ADN (ChIPSeq), des études de métagénomique vont amener la plateforme à acquérir de nouvelles technologies dans le domaine du séquençage très haut débit et séquençage de 3ème génération. La plateforme continuera aussi d’investir dans le génotypage haut débit.

ARTICLE 2 – INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS

L’acquisition sur la plateforme Génomique toulousaine d’une station de pipetage sera principalement destinée à la manipulation d'acides nucléiques en solution, et à la purification sur billes magnétiques de librairies NGS et produits PCR.

Cet automate devra répondre à tous les besoins (divers matériels biologiques sous différents états) de la communauté scientifique publique et privée dans les domaines de la santé, de l’animal, et du végétal.

Cet instrument complètera la chaîne d’automatisation déjà en place sur la plateforme (ABI3730, ABI3100, ABI7900, ABI2720, ABI9700, Illumina BeadXpress, Roche GSFLX454, TECAN Genesis 150 et 200, Tecan EVO200, Illumina HiSeq2000 et 2500, MiSeq…) pour la purification à moyen et haut débit de librairies NGS et de produits PCR, ainsi que la manipulation d’acides nucléiques en général.

Cet automate devra permettre de réaliser les étapes de manipulations post-PCR dans des conditions spécifiques en termes de :

• 
  précision de pipetage
  
• 
  rapidité d'exécution des programmes
  
• 
  coût des consommables associés aux manipulations
  
• 
  souplesse et flexibilité d'utilisation
  
• 
  transfert de programmes existants
  
• 
  configuration de consommables plastiques existants
  
• 
  volume mort et volume en excès nécessaires en single et multi-distribution
  

Les principales activités demandées à cet automate sont :

- La distribution de liquide en plaques type PCR jupées et semi-jupées à fond conique ou arrondi, type Deepwell, de format 96 ou 384 puits, en supports 48 ou 96 tubes 2D.
- La distribution à partir de réservoirs au format plaque ou de tubes de différents formats (1,5 ml, 2ml, 5ml, tubes microniques), à l'aide d'une tête 8 pointes, de volumes de liquide compris entre 0.5 µL et 200 µL, dans des plaques 96 et 384 puits. Les porte-pointes doivent être indépendants.
- La distribution à partir de réservoirs au format plaque à l'aide d'une tête 96 cônes de volumes de liquide compris entre 0.5µL et 200µL dans des plaques 96 et 384 puits. Il est nécessaire de pouvoir pipeter un nombre d’échantillons allant de 1 à 96 avec cette tête.
- Le déplacement de plaques à l’aide d’un gripper.
- La dilution colonne à colonne par la tête 8 aiguilles dans des plaques type PCR jupées et semi-jupées à fond conique ou arrondi, type Deepwell, de format 96 ou 384 puits, en supports 48 ou 96 tubes 2D.
- La purification de produits PCR et librairies NGS sur billes magnétiques.

- La préparation de PCR en microplaques. Le protocole reprend la distribution de liquides en plaques PCR 96 ou 384 puits (0.5 à 20 µL) pour distribuer le mix PCR et est complété par une distribution d'oligonucléotides et/ou de matrice ADN (0.5 à 10 µL) par la tête 8 aiguilles.

Les candidats devront préciser les solutions d'homogénéisation des liquides disponibles (aspiration/refoulement, support agitant…).
- La normalisation de concentrations. Il s'agit d'ajuster à la concentration choisie différentes solutions (situées dans différents puits) en fonction de données externes (essentiellement de type excel ou .txt) ou éventuellement automatiquement via un nanodrop, ou une autre machine du même type associée au robot.

Les volumes pipetés pourront aller de 10 µL à 1 mL.

Ces manipulations seront effectuées, soit pour des plaques entières (tous les puits sont successivement traités), soit pour des coordonnées choisies.

Les matrices pourront être dans des tubes (1.5 mL, 2 mL, 5 mL tubes microniques) ou dans des plaques type PCR jupées et semi-jupées à fond conique ou arrondi, type Deepwell, de format 96 ou 384 puits, en supports 48 ou 96 tubes 2D.

- La compression / décompression aux formats 96 et 384 puits 96, 384, deepwell, supports 48 et 96 tubes2D

ARTICLE 3 – CAHIER DES CHARGES

3.1 Objet du marché

Le présent marché a pour objet l’acquisition, la livraison, l’installation, la mise en service d’un robot pipeteur ainsi que la formation du personnel à l’utilisation de ce matériel.

3.2 Forme de la réponse

Chaque fournisseur pourra répondre, le candidat fournira un dossier complet comprenant :

Devis détaillé avec les caractéristiques techniques du matériel ;

Délais de livraison ;

Un schéma du matériel ainsi que les caractéristiques d'encombrement de celui-ci ;

Les conditions de raccordement électrique des éléments fournis ;

Les conditions de fonctionnement (température…) ;

Les informations stockées, leur format ainsi que la documentation de la programmation des protocoles ;

Les protocoles validés sur l’instrument : programmation détaillée et solutions utilisées ;

Une offre de prix des consommables plastiques spécifiques de l’automate ;

Les modalités de maintenance ;

Un planning des interventions prévues ;

Les modalités d'information concernant les mises à jour des logiciels ;

Délai d’intervention du service après-vente en cas de panne ;

Un devis pour la maintenance ;

Un manuel d’utilisation aux formats papier et informatisés ;

Un manuel contenant les consignes de sécurité aux formats papier et informatisé ;

Le matériel livré devra bénéficier d'une garantie pièces, main d'œuvre et déplacements selon les conditions décrites dans le présent document (article 3, paragraphe 3.6) ;

Une proposition de solution pour la formation du personnel à l’utilisation du matériel comme décrit à l’article 3, paragraphe 3.5.

3.3 Caractéristiques techniques

• 
  Les principales manipulations à réaliser sur l’automate sont avec une tête 8 ou 96 pointes indépendantes pour la purification de librairies NGS et produits PCR, la normalisation de ceux-ci, des compressions/décompressions de plaques.
  
• 
  La configuration minimale en termes de positions (hors poubelles) sur le robot permettant le transfert de plaques d’une position à une autre devra être :
  
  • 
    8 positions pour les boîtes de cônes
    
  • 
    3 positions pour les plaques 96 ou 384 puits
    
  • 
    1 position pour le support magnétique
    
• 
  Cette manipulation doit être réalisable à partir de concentrations différentes contenues dans différents types de supports :
  
  • 
    Tubes 1.2, 1.5, 2, 5 mL, tous types de fonds
    
  • 
    Tubes au format plaques en 8X12 (1.2 mL) et 6X8 (2 mL) tous types de fonds
    
  • 
    Plaques 96 de différentes hauteurs (Deepwell, 0.65, 1.5 mL, 2mL, PCR standard) et tous types de fonds
    
• 
  Cette manipulation doit être réalisable à partir de différents mix et tampons de différente viscosité contenus dans différents types de support :
  
  • 
    Tubes 1.2, 1.5, 2, 5 mL tous types de fonds
    
  • 
    Tubes au format plaques en 8X12 (1.2 mL) et 6X8 (2 mL) tous types de fonds
    
  • 
    Plaques 96 ou 384 de différentes hauteurs (Deepwell, 0.65, 1.5 mL, 2 mL, PCR standard) et tous types de fonds
    
• 
  Cette manipulation doit être réalisable dans différents types de plaques :
  
  • 
    Plaques 384 puits en polypropylène et polystyrène transparentes ou opaques, plus ou moins rigides
    
  • 
    Plaques 96 puits en polypropylène et polystyrène transparentes ou opaques, plus ou moins rigides
    

Pour chacune de ces conditions, le fournisseur devra préciser si l’application est déjà validée, en cours de validation, ou réalisable mais non validée.

Ces manipulations doivent être totalement automatisées (aucune étape manuelle), du début à la fin des pipetages.

• 
  La traçabilité des échantillons lors de la manipulation doit être continue et suivie à l’aide de codes-barres.
  

3.3.1 Contraintes qualité

Le contrôle qualité des pipetages doit répondre aux critères suivants :

• 
  A minima la précision de pipetage en simple distribution quelque soit la classe de liquide et son niveau de viscosité (eau, ADN +/- concentrés, mix, formamide, EtOH) sera de :
  

Volumes	CV sortie d'usine	CV en conditions réelles
1 µL	<10%	<10%
10 µL	< 3%	< 3%
100 µL	< 0.5%	< 0.5%

• 
  Ces spécifications seront validées par le fournisseur à l'installation de la machine dans les locaux. Le fournisseur devra préciser la technique utilisée pour valider ces données.
  
• 
  Afin de s'assurer de la reproductibilité des volumes en conditions réelles (dans des plaques) et en multi-distribution, deux autres tests devront être réalisés au cours de l'installation :
  

• 
  des séries de pipetage en multi-distribution, avec 8 aiguilles pour des volumes de 2 µL d'eau à sec dans des plaques 384, avec une comparaison visuelle contre les pipetages réalisés de manière identique sur la machine que nous utilisons actuellement à savoir un TECAN EVO200.
  
• 
  Un test biologique en PCR quantitative sur 96 puits d'une plaque 384 avec des volumes de 2 µL d'ADN commercial distribué en simple distribution dans 8 µL de mix commercial distribué multi distribution, et 1 µL d'ADN commercial distribué en simple distribution dans 4µl de mix commercial distribué en multi distribution. Les valeurs de Ct devront être de +/- 0.15 pour l'ensemble des échantillons. Le test biologique sera lancé en parallèle sur le TECAN EVO200 présent sur la plateforme, le nouvel automate ne devra en aucun cas donner des valeurs de moins bonne qualité que la machine existante.
  

• 
  L'utilisation de pointes ne devra entraîner aucune contamination
  

Un test biologique sera réalisé en distribuant des ADN concentrés à 2-3 µg/µL, 1 puits sur 2 en alternance avec de l'eau et une PCR quantitative sera réalisée sur la plaque préparée.

3.3.2 Description matériel

Contraintes générales

• 
  Le robot doit être ouvert pour permettre l’adaptation des divers protocoles manuels (kit commerciaux ou solutions « maison ») utilisés en routine dans les laboratoires.
  
• 
  Le robot doit être multiutilisateurs : interface de programmation, d’enregistrement des code barre et de lancement de la manipulation simples et sécurisés.
  
• 
  La société sera le seul point de contact pour le SAV.
  

Contraintes qualité (cf 3.3.1) :

• 
  Reproductibilité des pipetages en single et multi distribution
  
• 
  L’absence de contamination
  

Les candidats devront préciser :

• 
  Pour tête 8 aiguilles, type d’embouts aiguilles ou pointes et possibilité de passer de l’un à l’autre.
  
• 
  Pour tête 96 pointes, type de pointes.
  
• 
  Nombre de positions disponibles sur le plateau (hors positions réservées pour lavage ou autre).
  
• 
  Spécificité du robot par rapport aux contaminations.
  
• 
  Volume minimum de pipetage et précision du robot en simple et multi-distribution avec les 2 types de tête.
  
• 
  Volume maximum et précision du robot en simple et multi-distribution avec les 2 types de tête.
  
• 
  Volumes mort et volumes en excès nécessaires en simple et multi-distribution avec les 2 types de tête.
  
• 
  Temps de remplissage d’une plaque 384 en simple et multi-distribution pour 1 µL et 10 µL avec les 2 types de tête.
  
• 
  Type de suivi des volumes pipetés.
  
• 
  Informations et types de format des fichiers logs.
  
• 
  Type de lecteur de code-barres et fonctionnement de la machine pour la lecture.
  
• 
  Possibilité de transfert de plaques 48 en 6*8 à plaques 96 en 8*12.
  
• 
  Volumes et autonomie des bidons de lavages et poubelles.
  

En option, les possibilités et le coût :

• 
  Lecteur code-barres 2D
  
• 
  Systèmes de refroidissement et de chauffage (type Peltier)
  
• 
  Système aimant
  
• 
  Système aspiration
  
• 
  Extension de garantie
  

3. 4 Livraison sur site

Le matériel sera installé et mis en service sur la Plateforme Génomique :

Plateforme Génomique

Génopole Toulouse/Midi-pyrénées

INRA, 24 Chemin de Borde Rouge - Auzeville

CS 52627

31326 Castanet Tolosan cedex
La livraison interviendra avant fin octobre 2013. Elle fera l’objet d’un PV établi par l’INRA.

La mise en service par le titulaire interviendra dans un délai maximum de 15 jours à compter de la date de livraison. Elle fera l’objet d’un PV établi par l’INRA.

L’offre doit inclure la livraison, l’installation, la mise en service, la configuration du matériel.

3.5 Formation du personnel de la plateforme

Une proposition de formation du personnel à l'utilisation du matériel sera proposée et chiffrée. Celle-ci interviendra après la mise en service. Cette formation s’effectuera sur site et formera le personnel à l’utilisation des instruments et du logiciel d’acquisition et de pilotage (une intervention pour 8 personnes). Cette formation aura pour objet de permettre au personnel concerné d’assurer :

• 
  La mise en fonctionnement de l’ensemble du système : robot, ordinateur et logiciel de pilotage ;
  
• 
  La conduite des appareils et du logiciel d’acquisition ;
  
• 
  L’entretien régulier du matériel ;
  
• 
  Le traitement des résultats.
  

La formation fera l’objet d’un PV intégré dans le PV d’admission.

3.6 Garantie et maintenance

Offre de base : Pour cet équipement, la garantie contractuelle comprend pièces, main d'œuvre et déplacements sur une période de un an.
Option 1 : Le fournisseur devra proposer une extension de garantie pièces, déplacement et main d’œuvre d’une année supplémentaire.

Option 2 : Le fournisseur devra fournir un devis ou une proposition commerciale indiquant les tarifs appliqués, au jour de la proposition, pour des visites préventives et correctives sur le site au-delà de la période des deux ans.

3.7 Admission du matériel

L’admission de la solution se fera dans un délai maximum de 10 jours après la livraison du matériel. L'admission fera l’objet d’une décision établie par l’Inra. La procédure validera le bon fonctionnement du matériel.

Validation des protocoles (cf 3.3)

Tous les protocoles prévus doivent être validés dans les conditions décrites pour valider la solution.

Pour les conditions détaillées se référer aux chapitres 2 = conditions préalables à l’achat, 3 = cahier des charges des protocoles et du matériel : contraintes générales, contraintes qualité.

Admission de la solution

Le matériel ne recevra l'admission qu'après l'exécution réussie des protocoles prévus dans les conditions décrites.