Bazı işletmelerde ruhsatlı olan kaynakların belli dönemlerde kullanılmadığı bu nedenle kaynak ve imlahane analiz sonuçlarının birbiriyle çelişkili olacağı.
Bazı tesislerde imlahane içinde makinelere ait alet edevat ve parçaların bulunduğu,
Bazı illerde Kontrol ve denetim izleme numunelerinin dolum makinelerinden alınmadığı, önceden dolumu yapılmış sulardan numunelerin alındığı
Müdürlükçe onaylanmış etiketlere uygun etiketlerin kullanılmadığı
Bazı illerde halen Temel Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü'nün vermiş olduğu ruhsatların olduğu ruhsatların uyumlaştırılmamış olduğu,
Bazı illerde demir ve mangan gibi bazı parametrelerin indirgenmesine yönelik ozon kullanma talebinin Müdürlüklerce yerine getirilmediği,