Cluster de recherche isle informatique, Signal, Logiciel embarqué

Application de bioinformatique : L'IBCP propose l'étude de deux applications bioinformatiques qui pourront tirer profit d'une intégration adaptée dans un système informatique de grande taille: l'assignation automatique et le calcul de structures de grands ensembles protéiques d'après des données expérimentales obtenue par la technologie innovante de RMN du solide; ainsi que la simulation de dynamique moléculaire de grands systèmes moléculaires de protéines. L'apport de grands systèmes distribués pour ces deux applications permettra l'étude de plages plus importantes de paramètres ambigus obtenus d'après les mesures expérimentales, ainsi que de travailler avec des modèles plus réalistes lors des simulations des systèmes moléculaires. Le passage à l'échelle nécessitera notamment des mécanismes de parallélisation efficaces (à propos des passages de messages, MPI), et une optimisation de la gestion des données de grandes tailles obtenues lors des calculs, ce qui impliquera notamment un contrôle et une optimisation des réseaux impliqués dans ces deux mécanismes. D'un point de vue biologique, l'intérêt est de permettre l'étude de systèmes moléculaires qui sont actuellement difficilement accessible autrement que sur supercalculateur, par exemple d'étudier l'interaction protéines-ADN au sein du système "nucléosome", soit 250 000 atomes pour 8 protéines et un fragment de 140 bases nucléiques, pouvant demander près de 20 années de calculs pour certaines modélisations sur processeur standard.L’application PattInProt relève du domaine bioinformatique de la recherche de sites et signatures de protéine. Elle est pertinente dans un contexte d'analyse des grands volumes de données biologiques telles que celles découvertes par les programmes de séquençages de génomes complets.