Pe 20 noiembrie 1940, Pál Teleki a semnatul Pactul Tripartit, care fusese inițial o alianță a Germaniei Naziste, Italiei Fasciste și Imperiului Japoneze. În decembrie 1940, premierul maghiar a semnat un efemer „Pacte de prietenie eternă” cu Regatul Iugoslaviei. După doar câteva luni, după ce lovitura de stat din Iugoslavia amenința succesul planului de invadare a URSS (Operațiunea Barbarossa), Hitler a cerut Budapestei să se alăture acțiunii militarea împotriva Iugoslaviei. Hitler l-a promis ungurilor că le va ceda unele teritorii iugoslave în schimbul sprijinului militar. Din motive care sunt încă neclare, premierul maghiar Teleki s-a sinucis. În fruntea guvernului maghiar a fost numit politicianul de extremă-dreapta László Bárdossy.
Invadarea Iugoslaviei
La doar câteva zile de la moartea lui Teleki, Luftwaffe au bombardat Belgradul fără niciun avertisment iar trupele terestre germane au invadat Iugoslavia. Horthy a dat ordin Armatei a III-a ungare să ocupe Voivodina. Ungaria a anexat Baranja, Bačka, Međimurje și Prekmurje.
Războiul din răsărit
Ungaria nu a participat de la început la invadarea Uniunii Sovietice, care a fost declanșată pe 22 iunie 1941, dar Hitler nu cerut de la început ajutorul Ungariei. Numeroși oficiali maghiari au fost în favoarea participării Ungariei la război, pentru a-l împiedica pe Hitler să ia în considerație o eventuală revizuire a frontierei româno-maghiară din Transilvania. Ungaria a intrat în cele din urmă în războiul cu Uniunea Sovietică la începutul lunii iulie. Pe 1 iulie 1941, Grupul Carpați maghiar atașat Aramtei a 17-a germană, a atacat Armata a 12-a sovietică. Alături de Aramta a 17-a germană, grupul maghiar a înaintat adânc în sudul Rusiei. În timpul bătăliei de la Uman (3 – 8 august 1941), corpul mecanizat al Grupului Carpați a format una dintre aripile dublei încercuiri a Armatelor a 6-a și a 12-a sovietice. În timpul acestei lupte, 20 de divizii sovietice au fost distruse sau au capitulat. În iulie 1941, guvernul maghiar a hotărât transferul a 18.000 de evrei din Rutenia ocupată de Ungaria în Germania. Cei mai mulți dintre acești evrei au fost executați de Sicherheitspolizei la Kamianets-Podilskyi. Doar 2.000 de evrei au supraviețuit asasinatului în masă.[4]. Guvernul Bardossy a emis „A treia lege evreiască” în august 1941 prin care se interziceau căsătoriile interconfesionale și relațiile sexuale cu evreii. După șase luni de la masacrul de la Kamianets-Podilskyi, trupele maghiare au ucis 3.000 de ostatici sârbi și evrei lângă Novi Sad, ca represalii pentru atacurile rezistenței iugoslave. Încercând să deschidă calea unor negocieri cu Aliații occidentali, Horthy l-a forțat pe Bárdossy să demisioneze și l-a înlocuit cu Miklós Kállay. Kállay a continuat politica predecesorului său de sprijinire a luptei Germaniei împotriva Uniunii Sovietice, dar în același timp a început negocieri secrete cu Aliații occidentali. În timpul bătăliei de la Stalingrad, Armata a II-a maghiară a suferit pierderi uriașe. Străpungerea executată de sovietici peste fluviul Don a lovit direct unitățile maghiare. În ianuarie 1943, Armata a II-a maghiară încetase să mai existe ca o marea unitate funcțională. Negocierile secrete cu englezii și americanii au continuat, dar nu au fost deschise canale de negociere și cu sovieticii. Temându-se de faptul că Ungaria ar încerca să semaneze o pace separată cu Aliații, Hitler a ordnat trupelor sale să ocupe țara în martie 1944. Horthy a fost plasat sub regimul arestului la domiciliu. Un sprijinitor fanatic al neziștilor, Döme Sztójay, a fost numit noul premier al Ungariei. Noul prim-ministru se afla însă sub atenta supraveghere a unui guvernator militar nazist, Edmund Veesenmayer. În perioada în care la conducerea guvernului maghiar s-a aflat Kállay, evreii au suportat o de represiune politică și economică crescândă, deși numeroși membri ai comunității evreiești au fost protejați într-o oarecare măsură de deportare în lagărele morții, (în special în capitală).
Războiul pe teritoriul maghiar
În martie 1944, naziștii au lansat Operațiunea Margarethe prin care trupele germane au ocupat Ungaria. În țară, trupele de ocupație au început aplicarea soluției finale prin deportatea în masă a evreilor în lagărele morții din Germania și Polonia. Pentru supravegherea deportărilor, locotenent-colonelul SS Adolf Eichmann s-a deplasat în Ungaria. Între 15 mai și 9 iulie, noua administrație maghiară sub conducerea primului ministru, generalul Döme Sztójay, sub atenta supraveghere a germanilor, au deportat 437.402 de evrei, dintre care majoritatea cu fot trimiși în lagătul Auschwitz-Birkenau.La Auschwitz, aproximativ 33% dintre toate victimele asasinatelor în masă naziste au fost de origine maghiară. In fața presiunilor unor factori internaționali, ca de pildă nunțiul papal, la 7 iulie 1944 Horthy a ordonat oprirea deportărilor evreilor spre lagărele morții din Polonia. La 29 august 1944, el a reușit să-l înlocuiască pe pro-nazistul Sztójay cu generalul cu vederi mai liberale Géza Lakatos. Noul ministru de interne, Béla Horváth, a ordonat și el încetarea deportărilor cetățenilor maghiari. În septembrie 1944, forțele sovietice au traversat granița maghiară. Pe 15 octombrie, Horthy a anunțat că Ungaria a semnat un armistițiu cu URSS, dar nu a facut preparări suficiente și nu a îndrăznit să ordone militarilor sa întoarcă armele împotriva germanilor. Armata maghiară a ignorat armistițiul. Germanii au lansat Operațiunea Panzerfaust, l-au răpit pe fiul lui Horthy, (Miklós Horthy Junior), și astfel l-au forțat pe amiral să abroge armistițiul. Guvernul maghiar al generalului Lakatos fost răsturnat, fiind numit un nou premier în persoana lui Ferenc Szálasi, liderul fanatic al Partidului Crucilor cu Săgeți. Regentul Horthy a abdicat în acest moment și a fost trimis de germani în Bavaria. Ungaria a devenit în scurtă vreme un teatru de război. Szálasi a promis măreție pentru țară și prosperitate pentru țărani, dar, continuand războiul alături de Germania nazistă, nu a adus decât la dezastru pentru Ungaria și armata ei. Szálasi, în cooperare cu germanii, a reînceput deportări - a circa 80,000 de evrei - iar violențele la care se dedau oamenii săi puneau în pericol și viața evreilor rămasi în ghetoul organizat în Budapesta. Din cei aproximativ 800.000 de evrei ai Ungariei de după 1941, (care includea și teritorii românești, iugoslave și slovace), doar aproximativ 25% au mai supraviețuit Holocaustului.[5] Mai multe mii de rromi au fost uciși în timpul Poraimosului. Trupele germane în retragere au distrus sistematic căile ferate, drumurile, podurile și sistemele de telecomunicație. Teritoriul și populația maghiară au suferit în egală măsură de pe urma luptelor, bombardamentelor și înaintării armatei sovietice. În cadrul armatei germane Armeegruppe Fretter-Pico a fost reînființată Armata a II-a maghiară, care și-a trăit ultima perioadă de glorie în toamna anului 1944. În timpul Bătăliei de la Debrețin (16 septembrie – 24 octombrie 1944), Armeegruppe Fretter-Pico a reușit nu numai să evite încercuirea, dar, mai mult, a încercuit la rândul ei trei corpuri de tancuri ale Grupului mobil Pliev. Acest grup distrusese mai devreme în aceeași luptă Armata a III-a maghiară. Succesul a fost obținut cu mari sacrificii din partea maghiarilor, iar resturile Armatelor a II-a au fost incorporate în Armata a III-a pe 1 decembrie 1944. În octombrie 1944, Armata I maghiară a fost atașată sub comanda Armatei I Panzer germane și a participat la luptele Operațiunii Lvov-Sandomierz. Pe 28 decembrie 1944 a fost format un guvern provizoriu sub conducerea premierului Béla Miklós. Ungurii care au rămas loiali lui Szálasi au continuat lupta împotriva sovieticilor. Armata Roșie a încercuit complet Budapesta pe 29 decembrie. A fost declanșată Bătălia de la Budapesta, care a durat până în februarie 1945. Resturile Armatei I maghiară a fost distrusă la 200 km nord de capitală, în luptele din perioada 1 ianuarie – 16 februarie 1945. Pe 20 ianuarie 1945, reprezentanții guvernului provizoriu maghiar au semanat la Moscova armistițiul cu Aliații. Asediul Budapestei s-a încheiat odată cu predarea orașului pe 13 februarie 1945. Germanii au încercat o ultimă operațiune ofensivă în Ungaria – Ofensiva de la lacul Balaton. Această ofensivă s-a încheiat cu un eșec pe 19 martie, când trupele sovietice au recucerit toate teritoriile ocupate de germani în 13 zile de ofensivă. După această ultimă ofensivă, trupele germane din Ungaria au fost înfrânte în mod definitiv. Resturile Armatei a III-a maghiare au fost distruse în perioada 16 – 25 martie 1945 într-o zonă la 50 km vest de Budapesta. Operațiunile sovietice au fost încheiate din punct de vedere oficial pe 4 aprilie 1945, când ultimele trupe germane au fost alungate de pe teritoriul maghiar. Unele elemente maghiare pronaziste loiale lui Szálasi au continuat lupta alături de germani.