Introduction. Notion de structure: effets d'environnement et effets dynamiques, (résultats expérimentaux).
Sources d'information structurale: état solide (avec aspects statistiques), liquide (RMN) et gazeux (diffraction électronique, micro-ondes, calculs quantiques
Evaluation empirique de l'énergie intra et intermoléculaire.
Les bases de la mécanique moléculaire: transférabilité (hypothèses et limites), additivité des interactions par paires. Approche quantique / mécanique moléculaire.
Notion de champ de forces. Cohérence interne. Sources de paramètres et champ d'application. Méthodes de détermination de charges atomiques. Représentations de la liaison hydrogène.
Quelques champs de force typiques. Minimisations énergétiques. Principe des méthodes d'ordre zéro, un et deux. Architecture d'un logiciel typique de modélisation moléculaire.
Dynamique moléculaire. Dynamique harmonique: applications en modélisation
Dynamique newtonienne. Principe. Echelles de temps physique et simulé; temps de relaxation.
Aspects techniques: résolution des équations de Newton; pas d'intégration; SHAKE; simulations à E constante, à T constante, ou à P constante.
Analyse des résultats: Moyennes. Fluctuations. Corrélation. Structure du solvant: fonctions de distribution radiale. Aspects dynamiques. Applications en chimie: échantillonnage conformationnel en phase gazeuse et en solution . Recuit simulé. Dynamique sous contraintes.
Simulations Monte Carlo en chimie. Echantillonnage conformationnel.
Caractérisation de grandeurs moléculaires. Paramètres géométriques. Surfaces et propriétés au voisinage de la surface.
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