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Chemoinformatique I

20

15







65 h

90 h

1

3



MUTUALISATION

UE obligatoire pour le master :

Chemoinformatique



Peut constituer une UE optionnelle pour d’autres masters :

Peut constituer une UE libre :


OUI




OUI






M-S3

UE 2

TYPE D’UE

FINALITE (Recherche/Professionnelle)

INTITULE DE l’UE

Obligatoire

Recherche et Professionnelle

Chemoinformatique II

(extraction et exploitation des connaissances)



RESPONSABLE

NOM, Prénom

Discipline

Adresse

VARNEK, Alexandre

Chimie

4, rue B. Pascal

67070 Strasbourg




DESCRIPTION DES ENSEIGNEMENTS

Concept de descripteurs.

  • Descripteurs 1D, 2D et 3D: fragments moléculaires, fingerprints, indices topologiques, propriétés physico-chimiques, paramètres d’iso-surfaces moléculaires et énergétiques, pharmacophores et autres..

Méthodes structure-activité (QSAR/QSPR).



  • Approches de Hansch et de Free-Wilson. Normalisation de descripteurs. Sélection de descripteurs pertinents. Techniques mathématiques de développement de modèles : l les régressions multilinéaires, Machines à Vecteurs Supports, Arbres de classification et de Régression, les Réseaux de Neurones, méthodes probabilistes et autres.. Validation de modèles.

  • QSAR en 3D : analyse comparative de champs moléculaires ("CoMFA ").

  • Exemples d’application de méthodes QSAR pour le développement de nouveaux composés d’interet chimique ou pharmaceutique.

Criblage virtuel et design « in silico » de nouveaux composés.



  • Filtres (les règles de Liminski et autres).

  • Docking d’un ligand dans une protéine. Fonctions de score. Chimiothèques et cibliothèques.

  • Utilisation de modèles QSAR pour un criblage virtuel. Optimisation d’un « lead ».

Travaux pratiques avec les logiciels ISIDA, DRAGON et CODESSA-PRO (QSAR/QSPR)






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