Sınırötesi işbirliği alanı, orta yükseklikteki dağlardan Karadeniz kıyılarına kadar peyzaj tipolojilerinin çeşitliliği nedeniyle biyoçeşitlilik unsurlarının varlığı bakımından zengindir. Özellikle Karadeniz bölgesi ile ilgili olarak, kıyı ve denizdeki biyolojik çeşitliliği tehdit eden yabancı türlerin girişi, aşırı balık avlama, yasadışı balık avlama, kirlilik, doğal yaşam alanlarının yok edilmesi, turizm faaliyetleri ve su rejimine müdahale edilmesi gibi unsurların vurgulanması önem taşımaktadır.
Karadeniz, dünyanın en geniş ve okyanuslardan en fazla izole olmuş kapalı denizidir Karadeniz’de 151 balık, 1619 mantar, alg ve yüksek su bitkileri, 1983 omurgasız türü bulunmaktadır. Karadeniz’de Mersin balığı gibi hem biyolojik çeşitlilik açısından hem de ekonomik değer açısından önemli balık türleri ve 4 adet deniz memeli türü yaşamaktadır. Kapladığı alanlar azalsa da 34 balık türünün yumurtlama alanı olan 6 adet deniz çayırı türü bulunmaktadır (Zostera marina, Z. Noltii, Potamogeton pectinatus, Ruppia maritima, R. Spiralis ve Zannichellia major).
