Hastalıklı bitkiler: Hastalıklı bitkilerin yığına ilave edilmesinden duyulan endişe kompostlaşma esnasında hastalığa neden olan etmenin canlılığını muhafaza etmesi ve üzerinde yetiştirilen bitkiyi enfekte etmesidir. Hepsi olmamakla birlikte çoğu bitki hastalık etmenleri 55-600C yüksek sıcaklığa üç gün maruz bırakıldıklarında ölürler. Bu sıcaklığa “sıcak kompostlaştırma” sırasında ulaşılabilmektedir. Bununla birlikte hastalıklı bitkilerin komposta ilavesi tavsiye edilmemektedir.
Herbisit ve pestisitler: Organik materyale herbisit ve pestisit uygulanmışsa yeterli süre geçtikten sonra kompostlaştırma işlemine başlanmalıdır.
