Les prépas scientifiques destinées aux bacheliers de série S sont les plus représentées en nombre d'établissements et en effectif d'étudiants inscrits. Elles les accueillent en 1re année dans quatre voies : BCPST, MPSI, PCSI, PTSI, qui débouchent en 2e année sur BCPST, MP, PC, PSI, PT.
En BCPST, la formation aborde les sciences du vivant et les géosciences, les sciences physiques, l'informatique et les mathématiques.
En MPSI, les mathématiques et la physique sont les disciplines majeures, sans oublier la chimie et les sciences industrielles ou l’informatique.
En PCSI, les mathématiques, la physique et la chimie sont au cœur de la formation, avec davantage de place accordée à l’expérimentation qu'en MPSI.
En PTSI sont prévus l’analyse des systèmes automatisés, des cours de mathématiques-physique, de l'informatique et des TP en technologie industrielle.
D’autres prépas scientifiques sont réservées aux bacheliers technologiques, provenant de diverses séries.
La TSI, qui accueille les STI2D et les STL spécialité sciences physiques et chimiques en laboratoire, associe mathématiques, physique, chimie, sciences industrielles et informatique.
La TPC, qui accueille les STL spécialité sciences physiques et chimiques en laboratoire et les STI2D, privilégie les mathématiques, la physique-chimie et l’informatique.
