Formulaire pour demande d' homologation cati

Portail Meloidogyne incognita

URL: http://www.inra.fr/meloidogyne_incognita/

Coordinateurs : Etienne Danchin, Jérôme Gouzy, Laetitia Perfus-Barbeoch
Auteurs :

[e-mail]^1,2,3, [e-mail]⁴, [e-mail]^1,2,3, [e-mail]^1,2,3, [e-mail]^1,2,3, [e-mail]^1,2,3, [e-mail]⁴, [e-mail]^1,2,3, [e-mail]^1,2,3

¹ INRA, UMR 1355 ISA, 400 route des Chappes, F-06903, Sophia-Antipolis, France,
² CNRS, UMR 7254 ISA, 400 route des Chappes, F-06903, Sophia-Antipolis, France,
³ Université de Nice-Sophia Antipolis, UMR ISA, 400 route des Chappes, F-06903, Sophia-Antipolis, France,

⁴ Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), UMR INRA-CNRS 441/2594, F-31320 Castanet Tolosan, France.
Mots clés : Outils Gmod, apollo, blast, Meloidogyne incognita, web-service,
Ce portail a été crée dans le cadre du projet de séquençage du génome de Meloidogyne incognita(1) en 2008. L'obtention de ce génome est une avancée majeure pour l'étude des nématodes parasites de plantes pour preuve l'article sur le génome a déjà été cité plus de 160 fois en moins de 4 ans. Le site «nematode.net«, dédié à l'étude des nématodes de façon générale et qui rassemble l'ensemble des ressources sur les nématodes, donne notre portail comme la référence pour l'accès aux données et aux analyses bioinformatiques réalisées lors du séquençage de Meloidogyne incognita.
On retrouve sur le portail les résultats à la fois de l'annotation automatisée (réalisé grâce à Eugene) et de l'annotation manuelle expertisée, visualisable grâce à deux «genome browsers» gbrowse et Apollo. Un serveur Blast est accessible permettant de faire des «blast» sur le génome, sur les différentes banques de séquence d'EST ou sur les protéines prédites de M. incognita. Les résultats des analyses effectuées sur le génome avec d'autres outils bioinformatiques (OrthoMCL, Interproscan, etc.) sont aussi accessibles sur le site.

L'accès aux données est public à l'exception d'une partie qui n'est accessible uniquement qu'aux membres du consortium sous le contrôle d'un système de login/password.

(1) Abad P, Gouzy J, Aury J, Castagnone-Sereno P, Danchin EGJ, Deleury E & all: Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita. Nat Biotechnol 2008, 26:909-915.

Legoo : a bioinformatics gateway towards integrative legume biology

http://www.legoo.org
Marion Verdenaud¹, Sébastien Carrere¹, Sebastien Letort^1,2, Emeline Deleury³, Vincent Jouffe¹, Erika Sallet¹, Emmanuel Courcelle¹, Olivier Stahl², Vincent Savois⁴, Karine Gallardo⁴, Frédéric Debelle¹, Thomas Faraut² , Pascal Gamas¹, Jérôme Gouzy*^1
1 Laboratoire des Interactions Plantes Micro-organismes (LIPM), UMR441/2954 INRA/CNRS, F-31320 Castanet Tolosan

² Laboratoire Génétique Cellulaire UMR444, INRA/ENVT, F-31320 Castanet Tolosan

³ Interactions biotiques en santé végétale, INRA/CNRS/Univ. Nice, F-06900 Sophia Antipolis

⁴ Unité de Recherche en Génétique et Ecophysiologie des Légumineuses à Graines, INRA, F-21100 Dijon

Abstract
The integration of numerous and heterogeneous data produced by the legume community represents a challenge that needs to be overcome to fully exploit the considerable investment and progress made by many laboratories worldwide. Our goal is to provide and to ensure the interoperability of bioinformatics resources that are required to integrate and interpret such data. Legoo is a web portal which is based on the protocol BioMoby both to permit the interoperability between the different resources and to make available data and software within the bioinformatics community. The portal provides a unified entry point to numerous bioinformatics resources including a knowledge base that represents and structures published results. It provides a comparative genome browser to facilitate knowledge transfer between models and crops, which can be achieved by integrating genetic maps and genomic sequences as well as overlaying expression data. The portal also provides several genomic tools to exploit and combine the results of various technologies that have been developed in recent years. Finally, several workflows are provided allowing data and software to be combined to address frequent requests, such as promoter sequences analysis for sets of co-regulated genes.

REMORA : un poisson pilote dans l'océan des web-services BioMOBY

2. 
   http://lipm-bioinfo.toulouse.inra.fr/remora
   

Objectifs :

En bioinformatique comme dans d'autres domaines scientifiques, l'intéropérabilité des systèmes informatiques est devenu un élément clé pour accéder non seulement à la masse d'informations mais également aux outils qui permettront de la traiter et de l'intégrer. Durant ces dernières années, deux technologies ont émergé parallèlement pour répondre à ces questions: les grilles de calcul ou de données d'une part, les web-services d'autres part. L'utilisation de ces technologies ne se justifiera vraiment en bioinformatique que lorsque les biologistes pourront accéder de façon intuitive à ces ressources informatiques pour récupérer, analyser et intégrer les données nécessaires à leurs recherches et ce avec le maximum de transparence et de fiabilité. Or, répondre à ce besoin nécessite le développement d'interfaces utilisateurs adaptées car malheureusement, les outils d'ores et déjà disponibles comme Taverna sont destinés principalement à des utilisateurs informaticiens et, pour rester génériques, sont relativement complexes à mettre en œuvre pour un utilisateur non programmeur. C'est à la suite de ce constat que nous avons développé en 2006 le serveur web REMORA. Dans un premier temps, REMORA tire parti du typage, avec sémantique bioinformatique, des entrées sorties des web-services BioMOBY pour permettre la découverte des ressources, puis via une interface la plus simplifiée possible, rend possible la génération étape par étape et l'exécution de chaînes de traitement complexes. De plus, afin de partager l'effort de développement, REMORA autorise l'enregistrement sur le site des workflows les plus fréquemment utilisés qui sont alors réutilisable via le serveur REMORA ou via d'autres portails web (iANT, Narcisse) mais également, pour les projets pour lesquels la veille est critique, la ré-exécution périodique des chaînes de traitement.

Référence :

Carrere S, Gouzy J. REMORA: a pilot in the ocean of BioMoby web-services. Bioinformatics. 2006 Apr 1;22(7):900-1.

44 citations (google scholar) ; 22 citations (WOS)