URL: http://www.inra.fr/meloidogyne_incognita/
Coordinateurs : Etienne Danchin, Jérôme Gouzy, Laetitia Perfus-Barbeoch
Auteurs :
abad@sophia.inra.fr1,2,3, Jerome.Gouzy@toulouse.inra.fr4, Philippe.Castagnone@sophia.inra.fr1,2,3, Etienne.Danchin@sophia.inra.fr1,2,3, Emeline.Deleury@sophia.inra.fr1,2,3, Laetitia.Zurletto@sophia.inra.fr1,2,3, Erika.Sallet@toulouse.inra.fr4, Martine.Darocha@sophia.inra.fr1,2,3, Bruno.Favery@sophia.inra.fr1,2,3
1 INRA, UMR 1355 ISA, 400 route des Chappes, F-06903, Sophia-Antipolis, France,
2 CNRS, UMR 7254 ISA, 400 route des Chappes, F-06903, Sophia-Antipolis, France,
3 Université de Nice-Sophia Antipolis, UMR ISA, 400 route des Chappes, F-06903, Sophia-Antipolis, France,
4 Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), UMR INRA-CNRS 441/2594, F-31320 Castanet Tolosan, France.
Mots clés : Outils Gmod, apollo, blast, Meloidogyne incognita, web-service,
Ce portail a été crée dans le cadre du projet de séquençage du génome de Meloidogyne incognita(1) en 2008. L'obtention de ce génome est une avancée majeure pour l'étude des nématodes parasites de plantes pour preuve l'article sur le génome a déjà été cité plus de 160 fois en moins de 4 ans. Le site «nematode.net«, dédié à l'étude des nématodes de façon générale et qui rassemble l'ensemble des ressources sur les nématodes, donne notre portail comme la référence pour l'accès aux données et aux analyses bioinformatiques réalisées lors du séquençage de Meloidogyne incognita.
On retrouve sur le portail les résultats à la fois de l'annotation automatisée (réalisé grâce à Eugene) et de l'annotation manuelle expertisée, visualisable grâce à deux «genome browsers» gbrowse et Apollo. Un serveur Blast est accessible permettant de faire des «blast» sur le génome, sur les différentes banques de séquence d'EST ou sur les protéines prédites de M. incognita. Les résultats des analyses effectuées sur le génome avec d'autres outils bioinformatiques (OrthoMCL, Interproscan, etc.) sont aussi accessibles sur le site.
L'accès aux données est public à l'exception d'une partie qui n'est accessible uniquement qu'aux membres du consortium sous le contrôle d'un système de login/password.
(1) Abad P, Gouzy J, Aury J, Castagnone-Sereno P, Danchin EGJ, Deleury E & all: Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita. Nat Biotechnol 2008, 26:909-915.
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