Formulaire pour demande d' homologation cati

Département(s) ou direction(s) pilote(s) du Cati (lorsque le Cati est ancré à plusieurs départements précisez le(s) département(s) leader(s) du pilotage) :
Santé des Plantes et Environnement (SPE) – département leader du pilotage

Biologie Végétale (BV)

Renseignements concernant les unité(s) concernée(s) par le Cati :

Nom de l’unité	Type	Nom du directeur	Centre	Département pilote
LIPM	UMR441	Dominique Roby	Toulouse	SPE
CBGP	UMR1062	Flavie Vanlerberghe	Montpellier	SPE
ISA	UMR1355	Pierre Abad	PACA (Sophia)	SPE
BF2I	UMR203	Yvan Rahbé	Clermont Ferrand (Lyon)	SPE
BIOGER-CPP	UR1290	Marc-Henri Lebrun	Versailles-Grignon	SPE
IGEPP	UMR1349	Denis Tagu	Rennes	SPE
IRHS	UMR1345	Jean-Pierre Renou	Angers-Nantes	GAP
AE	UR406	Yves Le Conte	PACA (Avignon)	SPE
BFP	UMR1332	Thierry Candresse	Bordeaux	BV
SAVE	UMR1065	Denis Thiery	Bordeaux	SPE
LFP	UR1199	Michel Rossignol	Montpellier	BV
IJPB	UMR1318	David Bouchez	Versailles	BV
B&PMP	UMR0386	Alain Gojon	Montpellier	BV
DGIMI	UMR1333	Patrick Tailliez	Montpellier	SPE

II. Descriptif du Cati

1. Caractérisation de la mission du Cati :

1.1. Nature de la mission

Cette description doit permettre de caractériser les missions du Cati candidat en termes d’objectifs scientifiques, de compétences, ou de services et/ou organisationnels à l’appui desquels œuvre ce Cati candidat (environ 20 lignes). Elle peut être, le cas échéant, accompagnée de tout document nécessaire.
Dans une perspective de biologie intégrative, l’informatique scientifique de nos départements doit offrir aux biologistes les outils et les méthodes bioinformatiques pour: structurer l’information, comprendre les données, représenter et transférer les connaissances tout au long du continuum d’intégration « des gènes aux communautés d’organismes ». La mission du CATI sera donc de développer, et de mettre en œuvre les solutions informatiques et bioinformatiques qui appuieront les questionnements et projets scientifiques des laboratoires des départements dont nous dépendons.
L’offre de services, de formation, de support à projets, de développement et de mise à disposition d’outils, de méthodes et d’expertises sera organisée selon 3 axes.

1. 
   Organisation et régulation des génomes
   

Cet axe regroupe les activités liées aux analyses de données « omiques » : annotation structurale et fonctionnelles des génomes, analyse de l’expression et des régulations aux niveaux transcriptomique, protéomique et épigénétique.

2. 
   Génomique comparative et caractérisation de la biodiversité
   

Ce deuxième axe regroupera les activités liées aux analyses multi-espèces. Tant pour le transfert de connaissances (génomique comparative), la classification et l’analyse évolutive des espèces (phylogénie, phylogénomique) et la caractérisation des espèces et des communautés d’espèces (phénotypes, barcodes, génomes, métagénomes).

3. 
   Intégration et représentation des connaissances
   

Les ruptures technologiques récentes permettent d’une part une analyse fine et simultanée des processus de régulation des deux partenaires des interactions pathogènes ou symbiotiques. D’autre part, les données d’expression et d’interaction se multiplient sur de nombreuses espèces et pour certaines espèces sur de nombreux génotypes. Cet axe prendra en charge les activités liées à l’intégration et à la représentation des connaissances (moléculaires, phénotypiques, spatiales). Cela impliquera la mise en œuvre de méthodes et d’outils de méta-analyse, de modélisation, de structuration, de représentation et de transfert de connaissances entre espèces.

Les compétences informatiques qui seront mises en œuvre par les membres du CATI balaient un spectre très large de l’ingénierie informatique : administration des systèmes et des bases de données, traitement du signal, modélisation, conception de bases de données, d’interfaces utilisateurs et de programmes d’analyses.

1.2. Communauté servie

Identification de la communauté thématique et/ou géographique à qui les services sont destinés (environ 15 lignes).
Les laboratoires des départements participant au CATI définissent les organismes d’intérêt et les technologies pour la production des données, les biologistes de ces laboratoires forment donc le premier et principal cercle des utilisateurs des outils et services mis à disposition par le CATI.
Le deuxième cercle des utilisateurs biologistes est constitué de tous les utilisateurs anonymes qui accèdent aux ressources publiques que nous mettons à disposition soit via des bases de données, des serveurs web spécialisés, des portails intégratifs ou des services web.
La deuxième communauté servie est constituée par les bioinformaticiens de l’Institut ou d’ailleurs qui utilisent les outils bioinformatiques que nous développons ou les services web que nous mettons à disposition afin de proposer un accès normalisé aux données et services que nous maintenons.

1.3. Modes d’interaction et d’information prévus avec la communauté bénéficiaire du service :

Environ 15 lignes
Interaction avec les DU
Nous soutenons la proposition d’un compte rendu annuel auprès des directeurs d’unités et des chefs de département. Ceci, afin que les responsables puissent avoir une vision globale des activités de tous les CATI.
Interaction avec les chercheurs
D’autre part, pour communiquer directement avec les chercheurs, nous prévoyons de coupler aux 2 assemblées générales annuelles (cf 2.2) destinées à la communication et aux échanges intra CATI, une journée supplémentaire qui serait destinée aux chercheurs de nos départements.
Cette journée thématique (soit 8 thèmes sur 4 ans), sera organisée en collaboration avec les services communication de nos départements respectifs pour assurer la plus large diffusion. Elle sera ouverte à tous les utilisateurs biologistes concernés par le thème proposé et aura pour vocation à la fois d’assurer la diffusion de nos outils mais aussi de recueillir en direct les demandes des chercheurs.
Ce mode d’interaction direct, à destination de personnes intéressées par un thème particulier, se substituerait à la mise en place d’un conseil des utilisateurs qui, vu la taille de la communauté, ne couvrirait les différents profils d’utilisateurs que de façon très superficielle et n’assurerait pas une diffusion efficace de l’information.
En outre, un des « projets structurants » de notre futur CATI proposera une solution technique d’interaction avec les utilisateurs dans le cadre d’une activité de service (projet « BBRIC WorkSpace » en Annexe).
Gestion des demandes
Pour les laboratoires relevant du CATI, les nouvelles demandes de soutien (analyse de données, construction de bases de données, participation à des projets en réponse à des appels d’offre, etc.), se feront via les membres du CATI lorsqu’un membre du CATI sera présent dans le laboratoire, via les responsables des plateaux/plateformes ou encore à travers le responsable du CATI dans les autres cas. Il n’est pas prévu d’appel d’offre à date fixe (les plateaux/plateformes existantes ont déjà leur politique) mais une analyse et un arbitrage au fil de l’eau des demandes par les responsables des organisations en place (au niveau du laboratoire, des plateformes ou du CATI). Cette organisation souple, validée dans le CATI de 1^ere génération BIPAS, permet de s’adapter aux multiples calendriers des appels d’offre des agences de financement et propose ainsi aux laboratoires une réactivité compatible avec le contexte du monde de la recherche.
Diffusion
De plus, comme ces dernières années, nous continuerons à présenter les activités du CATI lorsque nous y serons invités. Nous avons créé un nouveau wiki (http://cati-bbric.toulouse.inra.fr) pour présenter les missions, l’organisation, les réalisations du réseau mais aussi les services disponibles aussi bien pour les biologistes que pour les bioinformaticiens à la recherche de solutions bioinformatiques.
Finalement, afin de participer à la visibilité de la bioinformatique de l’INRA, les outils les plus originaux ont également vocation à être publiés dans les revues spécialisées telles que « bioinformatics », «  BMC bioinformatics », etc. ; le plus souvent sous forme d’ « application note », de « software », de « databases » et parfois d’articles de recherche. Les publications académiques sont les vecteurs de communications les plus adaptés aux outils informatiques que nous développons et permettent de toucher une communauté bien plus large que l’Institut.

1.4. Modalités prévues d’évaluation du service rendu à la communauté :

Environ 15 lignes
Notre organisation est un réseau dont les membres sont directement au contact d’une partie significative de la communauté servie composée des biologistes de nos laboratoires qui sont les premiers utilisateurs de nos développements informatiques. Dans ce cas, même si l’évaluation est difficilement quantifiable, elle se fait « en direct » et quotidiennement ce qui garantit l’adéquation de nos développements par rapport aux besoins des utilisateurs finaux.
En outre les journées thématiques (cf 1.3) seront aussi l’occasion de capturer à un niveau plus large le niveau de satisfaction des utilisateurs sur chacun des thèmes abordés par le CATI.
Une grande partie de l’activité de service sera automatiquement mesurée lorsque le projet ‘BBRIC Workspace’ sera achevé et mis en production (cf Annexe pour une description).
Nous organiserons également le monitoring de nos serveurs web et de nos services web afin de mesurer plus précisément l’évolution du périmètre de la communauté servie.
D’autres indicateurs de la pertinence et de la reconnaissance du service rendu seront mesurés. Il s’agit en l’occurrence de la présence en tant que co-auteurs des membres du CATI sur des publications/posters de biologie et du nombre de citations de nos développements dans la bibliographie.