Formulaire pour demande d' homologation cati

Legoo : a bioinformatics gateway towards integrative legume biology

http://www.legoo.org
Marion Verdenaud¹, Sébastien Carrere¹, Sebastien Letort^1,2, Emeline Deleury³, Vincent Jouffe¹, Erika Sallet¹, Emmanuel Courcelle¹, Olivier Stahl², Vincent Savois⁴, Karine Gallardo⁴, Frédéric Debelle¹, Thomas Faraut² , Pascal Gamas¹, Jérôme Gouzy*^1
1 Laboratoire des Interactions Plantes Micro-organismes (LIPM), UMR441/2954 INRA/CNRS, F-31320 Castanet Tolosan

² Laboratoire Génétique Cellulaire UMR444, INRA/ENVT, F-31320 Castanet Tolosan

³ Interactions biotiques en santé végétale, INRA/CNRS/Univ. Nice, F-06900 Sophia Antipolis

⁴ Unité de Recherche en Génétique et Ecophysiologie des Légumineuses à Graines, INRA, F-21100 Dijon

Abstract
The integration of numerous and heterogeneous data produced by the legume community represents a challenge that needs to be overcome to fully exploit the considerable investment and progress made by many laboratories worldwide. Our goal is to provide and to ensure the interoperability of bioinformatics resources that are required to integrate and interpret such data. Legoo is a web portal which is based on the protocol BioMoby both to permit the interoperability between the different resources and to make available data and software within the bioinformatics community. The portal provides a unified entry point to numerous bioinformatics resources including a knowledge base that represents and structures published results. It provides a comparative genome browser to facilitate knowledge transfer between models and crops, which can be achieved by integrating genetic maps and genomic sequences as well as overlaying expression data. The portal also provides several genomic tools to exploit and combine the results of various technologies that have been developed in recent years. Finally, several workflows are provided allowing data and software to be combined to address frequent requests, such as promoter sequences analysis for sets of co-regulated genes.

REMORA : un poisson pilote dans l'océan des web-services BioMOBY

2. 
   http://lipm-bioinfo.toulouse.inra.fr/remora
   

Objectifs :

En bioinformatique comme dans d'autres domaines scientifiques, l'intéropérabilité des systèmes informatiques est devenu un élément clé pour accéder non seulement à la masse d'informations mais également aux outils qui permettront de la traiter et de l'intégrer. Durant ces dernières années, deux technologies ont émergé parallèlement pour répondre à ces questions: les grilles de calcul ou de données d'une part, les web-services d'autres part. L'utilisation de ces technologies ne se justifiera vraiment en bioinformatique que lorsque les biologistes pourront accéder de façon intuitive à ces ressources informatiques pour récupérer, analyser et intégrer les données nécessaires à leurs recherches et ce avec le maximum de transparence et de fiabilité. Or, répondre à ce besoin nécessite le développement d'interfaces utilisateurs adaptées car malheureusement, les outils d'ores et déjà disponibles comme Taverna sont destinés principalement à des utilisateurs informaticiens et, pour rester génériques, sont relativement complexes à mettre en œuvre pour un utilisateur non programmeur. C'est à la suite de ce constat que nous avons développé en 2006 le serveur web REMORA. Dans un premier temps, REMORA tire parti du typage, avec sémantique bioinformatique, des entrées sorties des web-services BioMOBY pour permettre la découverte des ressources, puis via une interface la plus simplifiée possible, rend possible la génération étape par étape et l'exécution de chaînes de traitement complexes. De plus, afin de partager l'effort de développement, REMORA autorise l'enregistrement sur le site des workflows les plus fréquemment utilisés qui sont alors réutilisable via le serveur REMORA ou via d'autres portails web (iANT, Narcisse) mais également, pour les projets pour lesquels la veille est critique, la ré-exécution périodique des chaînes de traitement.

Référence :

Carrere S, Gouzy J. REMORA: a pilot in the ocean of BioMoby web-services. Bioinformatics. 2006 Apr 1;22(7):900-1.

44 citations (google scholar) ; 22 citations (WOS)

Axe 2 : Génomique comparative et caractérisation de la biodiversité

CFBP : Collection Française de Bactéries associées aux Plantes

E-phytia et Di@gnoPlant® : un continuum de services du Web au terrain en protection des plantes

Dans un objectif de réduction des traitements phytosanitaires sur les cultures, l’identification précoce et fiable d’une maladie, la détection des bio-agresseurs émergents s’avèrent des étapes cruciales en santé végétale. Elles permettent notamment d’ajuster au diagnostic la ou les méthode(s) de protection les plus pertinentes. Notre équipe de recherche INRA de l’unité Santé et Agroécologie du Vignoble de Bordeaux a mis au point sous l’appellation Di@gnoPLant®, plusieurs applications en protection des plantes pour smartphones et tablette, qui permettent l’identification et la localisation des maladies au champ.

Lors de l’apparition de symptômes sur une culture ou au jardin, l’agriculteur, le technicien ou le particulier peut désormais avoir recours, via un smartphone ou une tablette, à un ensemble de connaissances et d’expertises INRA en protection des plantes. Chaque outil de Di@gnoplant permet :

• 
  d’identifier les maladies sur une culture donnée grâce à un module d’identification par l’image selon la nature des symptômes, des signes ou des ravageurs observés ;
  
• 
  de renseigner l’utilisateur sur les caractéristiques de ces maladies à partir d’un référentiel de connaissances INRA organisé sous la forme de fiches détaillant les symptômes, la biologie du bioagresseur en cause et les méthodes de protection optimisées à la situation parasitaire.
  

Nous avons voulu constituer un continuum d’outils de diagnostic/conseil accessibles sur le web grâce à e-phytia®, mais aussi sur le terrain via les nouveaux outils d’information et de communication que sont les smartphones et les tablettes. Ainsi, un utilisateur peut réaliser directement un diagnostic au champ, voire prendre quelques photos des symptômes et les envoyer à une structure spécialisée pour le confirmer. Plusieurs applications inter-actives Di@gnoplant® sont maintenant disponibles sur plateformes Apple ou Android et permettent d’identifier les maladies des salades, de la tomate, de la vigne et du tabac. D’autres applications sont en cours de construction portant sur les légumes (aubergine, poivron, melon, courgette, concombre…) et d’autres cultures.
Un module complémentaire de géolocalisation des maladies est en cours de développement sous l’appellation VigiPl@nt ; il pourra être couplé ou non aux applications de Di@gnoPlant®. Il facilitera l’épidémio-surveillance des bioagresseurs sur le territoire et contribuera à la détection des bio-agresseurs émergents. Grâce à un smartphone, un observateur sera en mesure de déclarer la présence d’un bioagresseur dans une culture géolocalisée, ainsi que quelques éléments du contexte parasitaire (type de culture, variété touchée, incidence de la maladie…). Il pourra aussi connaître quelle est la pression parasitaire pour une ou plusieurs maladies dans une zone de production donnée. Enfin, des versions en langue étrangère de plusieurs applications de DiagnoPlant® sont en cours de préparation.