Ibrohimov mirjalol bioinformatika fanidan

Oqsilning toʻrtlamchi strukturasi
Koʻpgina oqsillar bitta polipeptid zanjiridan va (biz yuqorida toʻxtalib oʻtgan) uchta darajadagi strukturadan iborat boʻladi. Shu bilan birga, baʼzi oqsillar subbirliklar sifatida maʼlum boʻlgan, bir nechta polipeptid zanjiridan ham iborat. Ushbu subbirliklar birlashganda oqsilga toʻrtlamchi strukturani beradi.
Biz toʻrtlamchi strukturaga ega boʻlgan oqsilga allaqachon misol keltirdik: bu – gemoglobin. Yuqorida aytib oʻtganimizdek, gemoglobin qonga kislorod tashiydi va u toʻrtta subbirlikdan, ikkita α va ikkita β turlaridan iborat. Yana bir misol DNK polimeraza boʻlib, u DNKning yangi zanjirlarini sintezlovchi 10 ta subbirlikdan iborat boʻlgan ferment hisoblanadi55start superscript, 5, end superscript.
Umuman olganda, uchlamchi strukturada ishtirok etuvchi bir xil turdagi taʼsirlashuvlar (vodorod bogʻ va London dispersiya kuchlari kabi kuchsiz taʼsirlashuvlar) toʻrtlamchi strukturani berish uchun subbirliklarni birgalikda tutib turadi.
Denaturatsiya va oqsil foldingi
Har bir oqsil oʻziga xos shaklga ega. Agar oqsilning atrof-muhitdagi harorati yoki pH i oʻzgarsa yoki u kimyoviy taʼsirga uchrasa, bu oʻzaro taʼsirlarning buzilishiga sabab boʻlishi mumkin, bu esa oqsilning uch oʻlchamli strukturasini yoʻqotib, aminokislotalarning strukturasiz zanjir koʻrinishiga olib keladi. Oqsil oʻzining birlamchi ketma-ketligini emas, yuqori tartibli strukturasini yoʻqotsa, bu oqsil denaturatsiyasi deyiladi. Denaturatsiyaga uchragan oqsillar odatda funksional boʻlmaydi.
Baʼzi oqsillarda denaturatsiya ortga qaytishi mumkin. Polipeptidning birlamchi strukturasi hali ham buzilmagan (aminokislotalar ajralib ketmagan) boʻlsa, normal muhitga qaytganda oqsil oʻzining funksional koʻrinishiga qaytishi mumkin. Aks holda, denaturatsiya doimiy saqlanadi. Qovurilgan tuxum qaytmas oqsil denaturatsiyasiga misol boʻladi. Xom tuxum oqidagi albumin shaffof va mustahkam boʻlib, issiqlik taʼsirida denaturatsiyaga uchraydi va soviganda ham xom tuxum holatiga qaytmaydi.
Tadqiqotchilar ayrim oqsillarning probirkada yolgʻiz boʻlsa-da, denaturatsiyadan keyin oʻz holiga qaytishi mumkinligini aniqladi. Ushbu oqsillar oʻz-oʻzidan strukturasiz holatdan nativ konformatsiya holatiga kela oladi va bu oqsil foldingi deb ham ataladi, ushbu folding uchun ulardagi aminokislotalar ketma-ketligida barcha kerakli maʼlumot boʻlishi kerak. Ammo barcha oqsillar ham bu jumboqni yechishga qodir emas. Hujayra ichida oqsillarning qanday qilib nativ konformatsiyaga qaytishi murakkabroq koʻrinadi. Aksariyat oqsillar folding jarayonini bir oʻzi amalga oshira olmaydi, bunday hollarda shaperon oqsillar ham jarayonda ishtirok etadi.