6. Liitumiseelsete toetusfondide liitumisjärgne rakendamine ja korraldus Phare programmist ei saa pärast ELiga liitumist sõlmida ühtegi lepingut, kui vastav rakendusüksus ei ole üle läinud EDIS rakendussüsteemile (laiendatud detsentraalne süsteem, kus kogu hangete läbiviimise ja lepingute sõlmimise otsustamine on viidud siseriiklikule tasandile). Erandkorras võidakse lepingute sõlmimise jätkamist lubada, kui EDIS süsteemi akrediteerimine on viibinud komisjoni süül.
EDIS süsteemile üleminek on Eesti ainsas Phare rakendusüksuses (lepingute sõlmimise ja rahastamise üksus) planeeritud 2003. aasta sügisel ning selleks on eraldatud ka rahalised vahendid ELi eelarvest.
Ka pärast ELiga liitumist jätkatakse abi kasutamist vastavalt senistele reeglitele. Avalike hangete osas kohaldatavad reeglid peavad vastama vastavatele ELi direktiividele. Hanked, mille puhul on liitumishetkeks avaldatud hanketeade, viiakse lõpule välja kuulutatud protseduuri alusel. Hanked jätkuvad siseriiklike riigihagete õigustiku alusel.
Programmeerimise osas kohaldatakse viimase aasta programmi suhtes eelnevate aastatega sarnaseid reegleid (tähtajad lepingute sõlmimiseks ja rahastamiseks on samad). Viimane Phare programm koostatakse viimasel liitumisel eelneval täiskalendriaastal.
Komisjon võib jätta liitumisjärgselt oma esindustesse kandidaatriikides kuni 15 kuuks senised Phare liitumiseelsete abiprogrammide rakendamist kontrollinud ametnikud.
