864/250 yilda u joylashdi Nishopur. U Nishopurda uchrashgan Muslim ibn al-Hajjaj. U o'zining shogirdi va oxir-oqibat hadislarni yig'uvchi va tashkilotchisi hisoblanadi Sahihi Muslim bu faqat al-Buxoriynikidan keyin ikkinchi hisoblanadi. Siyosiy muammolar uning yaqinidagi Xartank qishlog'iga ko'chib ketishiga olib keldi Samarqand u erda 870/256 yilda vafot etdi.
Bugungi kunda uning qabri Samarqanddan 25 kilometr uzoqlikda joylashgan Xartang qishlog'idagi Imom al-Buxoriy majmuasi ichida joylashgan. Asrlar davomida qarovsiz va vayron bo'lganidan so'ng, 1998 yilda qayta tiklandi. Maqbara majmuasi Imom al-Buxoriy maqbarasi, masjid, madrasa, kutubxona va kichik Qur'on to'plamidan iborat. Imom Buxoriyning zamin darajasidagi zamonaviy maqbarasi qabr toshi faqat senotafdir, xozirgi qabr esa zamonaviy inshoot ostida joylashgan kichik dafn qabrida joylashgan.
Buxoriy erta izdosh edi Sunniy dinshunos (mutakallim ) Ibn Kullab aqidada,[2][3] Qur'on tilovati yaratilishi haqida, Qur'on o'zi yaratilmaganligi to'g'risida va'z qilish.[3][18][19] Bunday ta'limotga munosabat bildirgan Bog'dodning muhaddislari Nishopur aholisini unga qarshi ogohlantirdilar, qamoqqa tashladilar va keyin uni shahardan haydab chiqardilar.[3][18] Boshqa izdoshlari Ibn Kullab, kabi Horis al-Muhasibi, shuningdek tanqid qilingan va boshqa joyga ko'chirishga majbur qilingan.
Xudoning nutqi bilan bog'liq munozaralardan uzoqroqda, Buxoriy rad etishni rad etdi Qadar Xudoning barcha insoniy harakatlarini aniq belgilab qo'yganligini anglatuvchi Qur'on oyatiga ishora qilib, o'z sahihida.[18] Ga binoan Ibn Hajar, Buxoriy, agar kimdir o'z harakatlarini yaratishda muxtoriyatni qabul qilsa, u Xudoning rolini o'ynagan deb taxmin qilinadi va keyinchalik mushrik deb e'lon qilinadi.[18] Boshqa bir bobda Buxoriy aqidalarni rad etadi Xarijitlar va shunga ko'ra al-Ayniy, ushbu bobning sarlavhasi nafaqat xarijitlarni, balki shunga o'xshash e'tiqod egalarini rad etish uchun mo'ljallangan edi.