Se intelege timpul scurs din momentul contagiului, al infectiei, pana la aparitia manifestarilor (simptomatologiei) clinice corespunzatoare bolii aparute in cadrul sindromului de imunodeficienta.
Perioada de incubatie este lunga si foarte variabila de la individ la individ, fiind apreciata in medie la 10-12 ani. Incubatia minima si maxima dupa cunostintele actuale se apreciaza la 6 luni, respectiv 15 ani (durata maxima a observatiei, tinand cont ca aparitia primelor cazuri a fost semnalata in 1981).
Virusul imunodeficientei umane este prezent pe intreaga durata de viata a infectatului care ramane astfel contagios si capabil sa infecteze. Virusul ramane cantonat in organism, integrat si in genomul celulelor parazitate. Este exact ce se intampla si in cazul altor virusuri, herpesul de exemplul care ramane cantonat toata viata sub o forma inactiva, latenta, capabil de reactivare, "trezire" provocand iarasi manifestarile clinice (herpes recidivant) ori de cate ori apararea organismuli scade (oboseala fizica, nervoasa etc.).
