Prosseguir objectivos da política científica e tecnológica adoptada pelo Governo para o sector da saúde, nomeadamente, através da promoção, realização e coordenação de actividades de investigação e desenvolvimento (I&D);
No âmbito nacional, promover, organizar e coordenar programas de avaliação externa da qualidade no sector laboratorial e assegurar o apoio técnico-normativo aos laboratórios de saúde pública;
Promover a realização de actividades de investigação aplicada e de vigilância epidemiológica e desenvolver instrumentos de observação em saúde, no âmbito de sistemas de informação;
Influenciar a inovação capacitando investigadores e técnicos na área da saúde, através da realização de formação pré e pós-graduada;