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Existência de um contexto social que permite alargar a actuação da missão do INSA;
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Mercado pouco concorrencial ao nível da Investigação e Desenvolvimento Tecnológico (I&D) possibilitando a expansão da sua quota;
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Potencial para diversificar os projectos financiados através de fontes externas, tendo em conta as várias áreas de investigação;
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Implementação de novas áreas de investigação, nomeadamente: proteómica e bioinformática;
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Desenvolvimento de novas linhas de capacitação científica e tecnológica. (ex: mestrados, licenciaturas ou oferta formativa).
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Redução dos fundos estruturais da União Europeia (EU), dos quais o INSA está dependente para a modernização laboratorial;
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Inadequação do actual modelo de financiamento do INSA, tendo presente a natureza essencialmente não lucrativa e de serviço público da maior parte das suas missões (I&D, vigilância epidemiológica, garantia da qualidade e actividades de referência, formação de investigadores e técnicos);
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Falta de clarificação de responsabilidades nacionais em relação à vigilância epidemiológica, vigilância nutricional e aos laboratórios de saúde pública.
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