Prin finanţarea structurilor de sprijinire a afacerilor de importanţă locală/ regională, Programul Operaţional Regional este complementar cu Programul Operaţional Competitivitate care finanţează structuri de sprijinire a afacerilor de importanţă naţională/ internaţională.
Un alt aspect al complementarităţii este dat de finanţarea prin POR a investiţiilor productive pentru microîntreprinderi, în timp ce POS Competitivitate finanţează microîntreprinderi high-tech, spin-off, precum şi activităţi de consultanţă.
POR este de asemenea complementar cu Programul Naţional pentru Dezvoltare Rurală, care va susţine microintreprinderile localizate în mediul rural, precum şi pe cele localizate în mediul urban dar care îşi desfăşoară activitatea în domeniul prelucrării primare şi secundare a produselor agricole, în timp ce POR finanţează exclusiv microîntreprinderi în zone urbane, cu excepţia celor menţionate mai devreme.
POR este complementar şi cu POS Mediu, în ceea ce priveşte reabilitarea situri-lor industriale., POR va finanţa reabilitarea siturilor industriale poluate sau neutilizate aparţinând autorităţilor locale şi pregătirea lor pentru activităţi economice; POS Mediu va finanţa închiderea/ reabilitarea ecologică a siturilor industriale poluate istoric.
