Autoritatea de Audit Prin Legea nr. 200/200, în România a fost înfiinţată Autoritatea de Audit pentru toate programele operaţionale, care va îndeplini funcţiile prevăzute de articolul 62 al Regulamentului Consiliului nr 1083/2006. Autoritatea de Audit este un organism asociat Curţii de Conturi, fără personalitate juridică, independent din punct de vedere operaţional de Curtea de Conturi, de Autorităţile de Management şi de Autoritatea de Certificare.
În conformitate cu prevederile Legii 200/2005, Articolul 14², Autoritatea de Audit are următoarele responsabilităţi:
auditul de sistem, verificarea prin eşantionare şi auditul final
verificări şi auditul extern pentru fondurile structurale
verificările anuale ale sistemelor de management şi control
verificările declaraţiilor de cheltuieli, pe baza eşantioanelor corespunzătoare
desfăşurarea verificărilor corespunzătoare pentru emiterea declaraţiilor de închidere la finalizarea programelor operaţionale
verificarea existenţei şi a utilizării corecte a co-finanţării naţionale.
Evaluarea conformităţii sistemelor de management şi control În conformitate cu Art. 71 al Regulamentului Consiliului nr. 1083/2006, o evaluare a conformităţii sistemelor de management şi control pentru POR vor fi înaintate Comisiei înaintea depunerii primei cereri intermediare de plată sau cel mai târziu în doisprezece luni de la aprobarea Programului Operaţional.