Organismul responsabil cu efectuarea plăţilor către Beneficiari este Unitatea de plată din cadrul Ministerului Dezvoltării, Lucrărilor Publice şi Locuinţelor.
Ca Autoritate de Audit, pentru toate Programele Operaţionale, a fost desemnat un organism asociat de pe lângă Curtea Română de Conturi, conform prevederilor Articolului 59 din Regulamentul General al Consiliului nr. 1083/2006. Autoritatea de Audit este independentă din punct de vedere operaţional de Autorităţile de Management, precum şi de Autoritatea de Certificare şi Plată.
