Messieurs

Messieurs,
Mon nom est ANIBA MOHAMED RADHOUENE , je suis étudiant ingénieur en 5° année de biologie industrielle à l’institut national des sciences appliquées et de technologie de tunis. (www.mes.tn/insat) Nous avons une formation polyvalente , qui nous permet de travailler aussi bien dans le secteur de l'industrie agroalimentaire que chimique , biologique, environnement , santé, ainsi que dans les domaines qui gravitent autour de la biotechnologie tels que la qualité (HACCP, AMDEC , hygiènes sécurité , BPF, BPH…) les génies de procédés (gestion des fermenteurs de bioréacteurs, de centrifugeuses, .)

Notre formation à l'INSAT , est basée sur la pratique , c'est à dire qu'on partage notre travail en 40 % de théorie et 60 % de pratique dans des laboratoires bien équipés financés par le gouvernement français puisque notre institut est crée dans le cadre d'une collaboration scientifique entre la Tunisie et la France , et ce en jumelage avec l'INSA de Lyon, Toulouse et Renne .Durant ma formation d’ingénieur j’ai appris à maîtriser les méthodes d’analyses chimiques, microbiologiques et biochimiques basées en même temps sur l’aspect « procédés » dans différentes spécialités (biochimie, microbiologie industrielle, immunologie, biologie moléculaire, environnement).Outre notre formation appliquée , l'institut organise de temps à autre des sorties d'exploration , sur terrain , comme à titre indicatif, le CBS le centre de Biotechnologie de Sfax , ou des industries agro-alimentaires, des stations de traitement des eaux …Dans le cadre de mes études j’ai pu réaliser un projet intitulé « production des bactéries lactiques comme ferments en industrie » au laboratoire de microbiologie industrielle de notre institut (voir document joint), j’ai aussi pu réaliser quelques expériences professionnelles à l’hopital militaire d’instruction de tunis ainsi qu’à l’institut pasteur de tunis dans le cadre de stages.Pour ce qui est de l’année dernière j’ai réussi à obtenir un stage de 4 semaines en France pour travailler sur la gestion d’un bioréacteur de 30 litres pour la dégradation de COV (composés organiques volatils) et ce à l’institut polytechnique saint-Louis, à l’école de biologie industrielle EBI (cergy pontoise-France).

Et dans le cadre d’un projet personnel que je mène cette année je travaille sur la conception d’un logiciel de traitement d’ADN in silico (intitulé Bioinformatique appliquée: conception d’un logiciel (Windows 3.1/95/98/NT) d’annotation de séquence et de modélisation de cinétique enzymatique Application :Etude de la xylanase-Annotation in silico du gène XYN2 de Saccharomyces cerevisiae qui code pour l’enzyme-Optimisation et modélisation de la cinétique enzymatique de l’enzyme) , je suis également responsable et animateur de cours magistraux et journées de formations en bioinformatique à l’INSAT (www.mes.tn/insat).La Bioinformatique est la discipline de l'analyse de l'information biologique, en majorité sous la forme de séquences génétiques et de structures de protéines. C'est une branche théorique de la Biologie, largement antérieure à la récente "révolution génomique". Malgré son nom, la "bioinformatique" ne doit pas être confondue avec une simple application aux données biologiques des concepts et des outils de l'informatique traditionnelle. Les défis principaux de la bioinformatique sont l'identification des gènes et la prédiction de leur fonction, deux problèmes au centre de la "génomique fonctionnelle". Notre laboratoire participe à la conception de nouvelles méthodes pour l'interprétation des séquences génomiques, du transcriptome, et la détection de signatures fonctionnelles. Notre recherche se situe dans le contexte général de l'approche "par modélisation", qui tend à dominer la bioinformatique moderne. L'analyse en parallèle des séquences et des structures 3-D correspondantes, au centre du domaine émergeant de la "Génomique Structurale", est un bon exemple de cette approche.L'énorme quantité d’information produite par les projets génomiques, ainsi que la complexité des problèmes posés par son interprétation, ont rendu la bioinformatique tout à fait indispensable.En 1982 quand la base de données de l’EMBL a été créée, elle possédait quelques milliers de paires de bases, en 1992 elle en contenait déjà 100 millions, au début de 1996, 650 millions et à la fin de 1999 elle en contient plus de trois millards. Une tendance similaire est observable pour le nombre de génomes complets publiés. Le premier génome bactérien a été publié en 1995 et, au moment de l’écriture de cette thèse, le séquençage de 24 génomes bactériens est achevé et plus de 80 sont en cours. De plus le séquençage du génome humain risque de provoquer une véritable avalanche de données. Ce projet sera certainement suivi du séquençage des génomes de la souris, du riz, du maïs, etc.

L’informatique jouera nécessairement un rôle fondamental au cours de toutes les étapes de la génomique. Ainsi, il faudra des algorithmes spécifiques pour faire l’assemblage de séquences contenant beaucoup de motifs répétés (tels qu'en présente le génome humain), et des programmes performants pour l’identification des régions codantes. Il faudra des programmes pour l’analyse des données d’expression génique. Il faudra aussi développer des bases de données spécifiques pour les génomes, mais aussi pour l’information biochimique et les données d’expression. Finalement, il faudra développer des méthodes pour intégrer toute cette panoplie d’informations et essayer d'en déduire les relations complexes qu'entretiennent les objets génétiques.

Ceci dis , et dans le cadre de ma formation , au cours de la dernière année càd 2003-2004 je dois effectuer un projet de fin d’études de six mois (PFE) et j’ai besoin pour cette raison d’un organisme pour me parrainer , m’encadrer et au sein duquel je dois réaliser le sujet qu’il veut bien m’offrir.Alors je vous écris Messieurs dans l’éspoir de trouver une aide de votre part afin que nous puissions mettre ce projet en application , c’est pour cela que je vous demande de bien vouloir examiner ma proposition qui consiste à ce que vous m’accueillez pendant six mois à partir de juillet 2003 pour travailler dans votre équipe sur le sujet de votre choix qui sera en même temps mon projet de fin d’études d’ingénieur en biotechnologie.
En attendant une réponse que j’espère favorable de votre part veuillez agréer ,Messieurs, l’expression de mes sentiments les plus respectueux .ANIBA M.R