Bakanlık merkez teşkilatı; Bakanlık Makamı, Talim ve Terbiye Kurulu Başkanlığı, ana hizmet birimleri, danışma ve denetim birimleri ile yardımcı birimlerin yanı sıra Makam Onayı ile kurulan; Projeler Koordinasyon Merkezi Başkanlığından oluşmaktadır.
3.1.1.Bakanlık Makamı
Bakan, Bakanlık hizmetlerini mevzuata, hükümetin genel siyasetiyle, millî güvenlik siyasetine, kalkınma planlarına ve yıllık programlara uygun olarak yürütmekle ve Bakanlığın faaliyet alanına giren konularda diğer bakanlıklarla ve kuruluşlarla iş birliği ve koordinasyonu sağlamakla görevlidir.
Müsteşar, Bakanın yardımcısı olup Bakanlık üst yöneticisidir. Bakanlık hizmetlerini Bakanlığın amaç ve politikalarına, kalkınma planlarına, yıllık programlara ve mevzuat hükümlerine uygun olarak Bakan adına düzenler ve yürütür.
