Örgütün oluşumu yine ERGENEKON dokümanında çok açık bir şekilde anlatılmış olup, ERGENEKON YENİDEN YAPILANMASI örgütün temel ve acımasız kurallarının yer aldığı 29 Ekim 1999 tarihli "ERGEN EKON'un YENİDEN YAPILANMASI (REORGANİZESİ) "dokümanının 5. bölümünde Organizasyon Planı başlığı altında;
"5/a). MERKEZ YÖNETİM
Ergenekon, örgütün Başkanına doğrudan bağlı olan 4 Daire Komutanlığı ile iki sivil Başkanlıktan oluşmalıdır. Toplam 6 ünitenin komutan ve başkanlarının bir asistanı ile bir de bölüm uzmanından oluşan iki yardımcısı olmalıdır. Ünitelerin komutan ve başkanlarının yanında görev alacak bölüm uzmanı, illegal faaliyetlerin yurtiçi ve yurtdışı hukuk plâtformunda legal gibi gösterilebilmesi düzenlemelerinden sorumlu olacaklardır.
Şöyle ki:
1 - Ergenekon Başkanlığı
istihbarat Dairesi Komutanlığı
istihbarat Analiz ve Değerlendirme Dairesi Komutanlığı
Operasyon Dairesi Komutanlığı
Finansman Daire Başkanlığı (Sivil)
Örgüt içi Araştırma Dairesi KomutMnl
7- Teori Tasarım ve Plânlama Dairesi Başkanlığı (Sivil) "
Bu ünitelerin komutan ve başkanları birbirlerini tanımalarında hiç bir sakınca olmamakla birlikte, birbirlerinin görev ve sorumluluk alanlarını bilmemeleri esası, Ergenekon'a istihbarat örgütleri içinde ayrıcalıklı bir özellik ve güvenlik kazandıracaktır." Denilmektedir.
"Bu 6 ünitede görev alacak ajanlar, kendi bölümlerinin komutan ve başkan asistanları dışında diğer üniteler ve personel ile hiç bir şekilde irtibat kuramamalıdır." denilmek suretiyle örgütün hiyerarşik yapısının katı kurallara bağlı olduğu ve gizlilik kuralı gereği bölüm başkanlarının dışındaki diğer kişilerin hiçbir şekilde birbirleriyle irtibata geçmeyip tanımamaları ve prensip olarak benimsenmiştir.
Buradan da örgütün üst düzey yöneticileri dışındaki birimler arası hücre yapılanması tabir edilen birbirinden farklı gibi görünüp aynı amaca hizmet edip ve aynı merkezden yönetilip kontrol edilen bir örgüt olduğu açıkça anlaşılmaktadır. Aynı bölümün devamında;
"Örgütün üst düzey yöneticileri ile personel ve ajanlar arasında mutlak mesafe olmalıdır. Aksi halde başarısız bir operasyon sonucunda üst düzey yöneticilerinin korunması sağlanamayacağı gibi, örgütün kendisi riske atılmış olur ve örgütün imajı korunamaz.
Üniteler arasında enformasyon değerlendirmesinde ayrıcalık tanınabilecek tek bölüm "Operasyon Dairesi Komutanlığı"dır. Çünkü, elde edilen enformasyon analiz ve değerlendirilmesinde gerektiği hallerde katkısı olabilir." denilmektedir.