Custodele Sitului Făgetul Clujului – Valea Morii și al rezervațiilor incluse este Asociaţia Natura Transilvaniei, acoperind următoarele domenii de activitate:
Planificarea, coordonarea şi supravegherea acțiunilor de conservare a biodiversității desfăşurate pe teritoriul Ariei;
Monitorizarea valorilor naturale din ariie protejate pe care le gestionează;
Încurajarea eco-turismului legat de ariile protejate prin responsabilitate și managementul vizitatorilor;
Educaţie şi conştientizare publică;
Relaţii cu comunităţile şi cu alţi factori interesaţi;
Responsabilitatea administrării ariei protejate revine unei echipe de 5 persoane din cadrul Asociaţiei Natura Transilvaniei, dar în activităţile de administrare a sitului sunt implicaţi și ceilalți membri activi ai asociației. Structura organizatorică a asociației se prezintă în Figura 2.
Numărul convenției de custodie: 319 / 26.02.2014 încheiată cu Ministerul Mediului și Schimbărilor Climatice, Act adițional nr. 1 / 25.11.2014 la Convenția de custodie încheiată cu Agenția Națională pentru Protecția Mediului.
Figura 2. Organigrama echipei de custodie Situl Făgetul Clujului – Valea Morii.