Situl Făgetul Clujului – Valea Morii face parte din Regiunea Biogeografică Continentală, care ocupă mare parte din teritoriul României, ca de altfel şi mare parte a Europei Centrale şi de Vest.
În Făgetul Clujului-Valea Morii se regăsesc 2 habitate de mlaștini, 6 habitate forestiere și 5 habitate de pajiști de interes comunitar. Situl a fost declarat doar pentru o parte din acestea, așa cum reiese din Formularul Standard.