Octobre 2001 n°188
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La Vie des Sociétés195 Cobb-Vantress, le leader mondial de la sélection des poulets de chair, va financer le développement de la technique d'Embrex de typage sexuel des poussins dans l'œuf. Ce typage, il n'y a pas longtemps, était encore fait à la main par des spécialistes qui ne révélent évidemment jamais leurs critères. Cette séparation, essentielle, dans le cas des poules pondeuses, est également utile pour le poulet de chair, car les mâles et les femelles ont des exigences nutritionnelles différentes. PRNewswire (06AUG01). 196 Corn Products International (CPC) a été séparée de la maison mère Best Foods en 1997 lors du rachat par Unilever de cette dernière compagnie. Enzyme Bio Systems est son bras industriel dans le domaine des enzymes. Il faut rappeler que les firmes de traitement des amidons sont de gros utilisateurs d'enzymes. Elles ont souvent tenu à disposer d'une arme de dissuasion contre leurs fournisseurs d'enzymes en conservant une capacité potentielle interne de production, au cas où les prix des fournisseurs deviendraient excessifs. CPC a commencé à commercialiser ses enzymes en 1956 en Europe et 1960 aux Etats-Unis, et a créé Enzyme Bio Systems en 1983 qui détient actuellement une part de marché de 7% dans le domaine des enzymes amylolytiques aux Etats-Unis. La production d'une amylase recombinante de Bacillus stearothermophilus dans Escherichia coli et Bacillus subtilis a été réalisée en 1980 et commercialisée en 1984. En 1988 une amylase/transférase de Bacillus megaterium exprimée dans Bacillus subtilis a été autorisée dans le domaine alimentaire. Deux autres enzymes utilisable dans la production d'éthanol ont été commercialisées en 1995. Industrial BioProcessing 23 (AUG01). 197 Diversa vient d'achever la séquence de 1,85 Mb du génome de l'archée Pyrolobus fumarii (qui pousse entre 90°C et 113°C avec une Topt de 106°) en collaboration avec Celera Genomics et Applera. Elle sera incorporé dans la banque PathwayLibrary™. Les enzymes de cette archée, supposées thermostables, seront exploitées dans le cadre des co-entreprises de cette firme avec plusieurs grandes multinationales comme Syngenta (avec Zymetrics) et Dow Chemical (avec Innovase) et des accords avec d'autres comme Aventis Animal Nutrition, Celanese, GlaxoSmithKline, Invitrogen. Diversa Press Release (257SEP01). 198 Messenger™ d'Eden Bioscience est une harpine (protéine élicitrice stimulant les défenses de plantes (voir le Bulletin de Juin. Elle est produite dans des E.coli recombinantes à partir de celle d'Erwinia amylovora. Le produit est maintenant agréé et vendu assez largement pour des cultures à haute valeur ajoutée, notamment en horticulture. Il peut également être utilisée dans les pays en développement comme traitement des graines. Un seul lavage dans une solution permet d'améliorer les germinations. Il suffit de 5 à 7,5 g/ha pour obtenir cet effet. Les essais ont lieu en Ethiopie et au Kenya. Ils pourraient être étendus à l'Europe de l'Est. Industrial BioProcessing 23 (AUG01). L'US Patent 6 235 974 (22MAY01) est le dernier brevet sur le sujet de la Cornell Research Foundation, et mentionne l'expression de l'éliciteur dans des plantes transgéniques. 199 Exelixis Plant Sciences de Portland, Oregon, une filiale d'Exelixis créée après l'acquisition d'Agritope, a reçu un financement dans le cadre des Small Business Innovation Research pour la détection de gènes de régulation de résistances chez le riz. Le procédé utilisé est également utilisé chez Agrinomics, qui est une co-entreprise avec Aventis CropScience où on l'essaye dans la plante modèle Arabidopsis. Elle travaille également sur des microtomates. Exelixis Press Release (24SEP01). 200 Genencor International et Integrated Genomics annoncent la signature d'un accord de licence sur deux techniques d'analyse de génomes microbiens avec ERGO™ (une série logicielle appliquée à plus de 300 génomes), Genome Explorer™ (une technique d'analyse des régulations). Genencor aura, par ailleurs, accès aux séquences d'Aspergillus niger d'Integrated Genomics qui est la seule séquence complète (?) détenue actuellement. Integrated Genomics en a établi les réseaux métaboliques. PRNewswire (25SEP01). 201 Genzyme a acquis Novazyme Pharmaceuticals. Les deux firmes coopéraient déja sur des enzymes palliant des désordres lysosomaux. PRNewswire (27SEP01). Leurs recherches devraient déboucher sur l'amélioration de l'absorption non seulement d'enzymes mais d'acides nucléiques. 202 Hyprotech de Calgary, commercialise un suite de logiciels intégrés pour la gestion de process en batch, le scaling-up et les productions. Appelé BaSYS™, il devrait faciliter le passage de la R&D à la production. Le Process Manual, un outil de gestion du savoir intranet, est le produit d'une accumulation de données acquises en 25 ans. Sur ls processus industriel de cristallisation, séchage, manipulation des produits, traitement des effluents, etc…Il est construit en couches successives ce qui permet de commencer simplement et de compléter les données au fur et à mesure. Genetic Engineering News (15SEP01). 203 Infigen et la firme néerlandaise Pharming Holding sont en conflit circonstanciel après une coopération datant de 1998 du fait de la faillite de cette dernière. Infigen veut empêcher Pharming Holding de vendre le bétail produisant des protéines hétérologues (fibrinogène humain et collagène humain type I) dans leur lait. Ces vaches transgéniques ont été construites, selon la société, par Infigen. En effet, Pharming Holding entretient ces vaches dans le Wisconsin. Infigen ne veut pas que ces vaches soient des gages pour les créanciers de Pharming Holding. Infigen a fourni sa technique de cultures cellulaires et de transferts nucléaires pour le clonage. Infigen s'était illustré par son clonage d'un taureau célèbre qui a été vendu à un consortium à la World Dairy Expo de 2000 pour 82 000 dollars (voir le bulletin de Mars). Maintenant c'est une jeune génisse qui a déja été achetée par le Landox Syndicate of Minneapolis qui sera exposée à la même foire en Octobre 2001. La société détient 165 animaux clonés dont des bovins, des ovins et des porcins. Infigen Press Release (01OCT01). 204 InterMountain Canola de Cargill restreint ses surfaces de productions contractuelles de canola aux Etats-Unis pour se contrer sur ses activités canadiennes autour des installations de transformation de Cargill à Clavet, Saskatchewan et les installations de stockage de Cargill en Alberta, Manitoba et Saskatchewan. Les raisons invioquées indiquent bien que c'est le transport sur de trop grandes distances qui handicape les productions agricoles dans ce pays quand le produit est très spécifique comme les colzas sous contrat qui doivent être traités dans une usine particulière. Dans ce cas ce sont des huiles de fritures à stabilité accentuée. InterMountain Canola Press Release (07SEP01). 205 Maxygen a reçu un contrat de $3,7 millions sur trois ans de l'USAID, un peu l'équivalent de notre défunt ministère de la coopération pour mettre au point un vaccin contre le paludisme. Compte tenu des compétences de la société, ce vaccin devrait utiliser de multiples formes issues d'échanges artificiels de séquences (gene shuffling) de ses antigènes de surface pour tourner les défenses du parasite qui consistent à les échanger rapidement pour déconcerter les défenses immunitaires. PRNewswire 03OCT01. 206 Après avoir vanté la capacité des microalgues à ne pas nécessiter de fourniture d'énergie autre que l'énergie solaire, ne voilà-t-il pas que les mêmes firmes (Martek par exemple) vantent la culture sur glucose à l'obscurité sous prétexte que les bassins de culture sont difficiles à maîtriser. (Voir le Bulletin de Juillet §123)
La firme a également entrepris des recherches sur les voies de biosynthèse des DHAs des microalgues avec Syngenta. Martek se réserve les droits sur la production dans le microalgues, tandis que Syngenta pourra utiliser les gènes dans des plantes cultivées. Industrial BioProcessing 23 (AUG01). De son côté Aquasearch vante son système de production contrôlée par ordinateurs des ses algues dans des enceintes fermées, en dénigrant également les bassins ouverts. 207 Oxford GlycoSciences vient d'obtenir l'US Patent 6 278 794 (22AUG01) qui complète la protection intellectuelle d'un système de traitement robotisé de protéines sur des gels d'électrophorèse 2D intégré dans un système gestion de l'information (laboratory information management system ou LIMS) permettant de suivre les échantillons et les résultats d'une analyse protéomique, déja breveté sous l'US Patent 6 064 754 ( MAY00). 208 Paradigm Genetics annonce avoir atteint et dépassé son cinquième objectif d'étape dans les recherches menées pour Monsanto. C'est le résultat de l'efficacité du procédé utilisé par la firme et dénommé GeneFunction Factory™ dont la base est le système logiciel FunctionFinder™, qui permet de déterminer la fonction de gènes fournis par Monsanto (et d'autres dont feu Aventis CropScience). Cela a amené Monsanto à modifier l'accord en éliminant la clause de cloture anticipée, en l'échangeant pour des droits plus large dans l'exploitation des résultats.
Plus de 250 cibles potentielles d'herbicides ont été identifiées en trois ans par Paradigm Genetics. Ces cibles sont ensuite triées grâce à la technique GeneFunction Factory™. Les clients comme Bayer choississent les cibles et les introduisent dans des cribles à haut débit pour identifier des molécules agissant sur ces cibles. Bayer est client depuis 1998. Le partenariat a été prolongé de cinq ans, dont deux fermes, en Juin dernier. Paradigm Genetics PressRelease (24SEP01). Paradigm Genetics après la mise au point, depuis 1998, d'une collection complète de variants knock-out du champignon pathogène majeur du riz, Magnaporthe grisea (voir le Bulletin d'Octobre 2000) vient de créer des microréseaux ADN du champignon. Le réseau contient des séquences annotées et peut servir à suivre l'expression des gènes. Il est construit par Agilent Technologies. Paradigm Genetics PressRelease (20AUGP01). 209 Regent Group commercialise depuis le 26 Septembre une boisson comprenant, notamment, des superoxyde dismutases de plantes pour les personnes immuno-déprimées sous le nom de Resurgex™. Sa filiale Millennium Biotechnologies récemment créée en est chargée. Elle a recruté Luc Montagnier inventeur du virus du SIDA, comme conseiller. PRNewswire 26SEP01 et 04OCT01. 210 Toxin Alert est en train demettre au point des emballages plastiques dopés par des anticorps contre les contaminants alimentaires qui devraient permettre de déceler visuellement les contaminations sans ouvrir le paquet. Cette technique dénommée Toxin Guard™ a été mise au point avec l'Université de Guelph qui devrait couvrir le procédé par un brevet. . La société en est à l'impression rapide sur films plastiques. Elle devrait s'associer à PACTIV Corporation pour la commercialisation. PRNewswire (27SEP01).
La Politique 211 Le numéro de Genetic Engineering News (15SEP01) consacre plusieurs articles à des entreprises émergentes dans les biotechnologies allemandes. Il y a une quinzaine d'années la scène des industries basées sur les sciences de la vie était dominée, en Allemagne, par un tout petit nombre de géants. La prise de conscience de l'état fédéral et des états comme la Bavière qu'il fallait tirer partie des compétences incontestables du secteur public, a permis de lancer les biotechnologies, malgré un climat qui n'était guère favorable (voir les délais invraisemblables de mise en service de l'usine d'insuline recombinante de Hoechst en 1989) qui a amené Boehringer Mannheim à déplacer aux Etats-Unis ses activités biotechnologiques, sauf les diagnostics en 1993. MorphoSys de Martinsried, fondée en 1992, a été la première société de biopharmacie à être enregistrée au Neuer Markt en 1999. Avec 50 à 60 nouvelles start-ups tous les ans, on assiste à une croissance importante du secteur, même s'il n'est pas encore au niveau de la Grande Bretagne (voir le Bulletin d'Août). Autour de ces entreprises se constitue un tissu de fournisseurs et de fournisseurs de services. Parmi ces sociétés on trouve des des sociétés qui étoffent leur porte-feuille intellectuel sur des organimes modèles. C'est le cas d'Artemis de Cologne, DeveloGen de Göttingen, Ingenium Pharmaceuticals de Martinsried et Mermaid Pharmaceuticals de Hamburg. Artemis a fusionné au début de l'année avec Exelixis qui avait commencé de la même façon en travaillant sur Drosophila et Caenorhabditis elegans, alors que Artemis travaille sur des mammifères. En général ces sociétés se diversifient ensuite, à partir des compétences ainsi acquises. 212 Le brevet large de Hoffman La Roche sur la Taq polymérase déposé en 1987 est invalidé par le bureau européen des brevets. Il couvrait les formes naturelles et recombinantes de cette enzyme extraite, eu départ, de Thermus aquaticus. Il avait déjà été invalidé en Décembre 1999 aux Etats-Unis, mais sur la base de déclarations frauduleuses des inventeurs. Le problème était celui de l'originalité contestée par Promega. Evidemment Roche a fait appel, et la plaisanterie va durer jusqu'en début 2002. Roche affirme que 90% de ses ventes (à un prix confortable) portent sur les versions recombinantes qui sont couvertes par un brevet européen à base plus restreinte, mais lui-même attaqué par Bioline. A Bouchie; Nature Biotechnology 19 (JUL01) 607. 213 L'US Patent and Trademark Office (PTO) continue à recevoir un flot de demandes de brevets portant sur des ESTs (marqueurs de séquences exprimées) et de SNPs (polymorphismes de nucléotides en un site donné, marqueurs d'individus). Deux articles de mêmes auteurs discutent de la brevetabilité de telles données à la lumière de la révision des critères d'utilité par l'agence américaine (35 USC §101) dans les Revised Utility Examination Guidelines (ce qui signifie que, si ces règles n'ont pas force de loi, elles sont utilisées jusqu'à révocation ou modification, par les examinateurs), ainsi que des critères de description requis dans le paragraphe 35 USC §112. GJ Flattmann et al.; Nature Biotechnology 19 (JUL01) 683 684 et GJ Flattmann et al.; Nature Biotechnology 19 (AUG01) 777 779. Un gène ne peut être breveté que s'il est purifié, ce qui comporte une intervention humaine, et il doit avoir une valeur supérieure à celle de son état naturel. L'utilité d'une invention doit être spécifique, substantielle et crédible. La spécificité implique qu'une séquence ne peut être brevetée avec mention d'une utilité comme sonde ou marqueur que si elle stipule quelle séquence cible est ainsi révélée. Une fonction déduite par homologie est acceptable. Le caractère substantiel indique que l'utilité doit être défini dans les conditions actuelles d'utilisation et ne pas nécessiter de recherches supplémentaires. Ainsi une séquene codant une protéine de fonction inconnue ne peut être brevetée, faute de pouvoir définir l'utilisation de la protéine. La crédibilité de l'utilité s'applique au raisonnement du demandeur pour définir l'utilité de son invention. Ceci dit si, au cours de la période d'examen, l'utilité devient claire à la suite de développements extérieurs, le demandeur peut utiliser l'argument, même si cela ne figure pas textuellement dans le document déposé. L'exemple fourni aux examinateurs dans leur bréviaire porte sur une ORFs ayant 90% d'homologie avec une ADN-ligase. L'affirmation que cette ORFs code une telle ligase et peut être utilisée comme telle (donc utile) doit être acceptée, car l'autre type de séquences ayant une homologie est celle d'-actines, mais avec seulement 50% d'homologie. Il reste quand même, comme le font remarquer les auteurs, que l'on ne sait pas quel seuil d'homologie doit être retenu. Il est donc prudent de justifier son utilité, car de toute façon l'appartenance à une famille n'implique pas obligatoirement une utillité. Le paragraphe 35 USC §112 sur la divulgation des données nécessaires à la mise en pratique de l'invention implique deux exigences, une description de l'invention mais aussi les méthodes de mise en œuvre. La description est particulière dans le cas de gènes existant dans la nature. Il faut que la séquence soit effectivement isolée au moment du dépôt de brevet, et soit clairement distincte d'autres séquences. Celà ne pose pas de problème pour les ESTs et SNPs qui sont, par essence, des séquences complètes, celà ne s'applique pas à une ORF incomplète ou à un fragment de gène. La divulgation de la mise en œuvre est cruciale, car les résultats sont souvent imprédictibles. Ainsi une seule substitution dans une séquence peut conduire à des résultats différents et imprévisibles pour l'instant. Les examinateurs seront donc enclins à refuser une revendication trop large, sauf à démontrer cette revendication.. Passant à la défense de tels brevets dans les tribunaux, les auteurs indiquent que, dans le cas des ESTs et des SNPs, il n'y a transgression que si la séquence complète est utilisée. Si elle ne recouvre qu'incomplètement la séquence (longueur ou substitutions) les juges doivent estimer si la doctrine d'équivalence est enfreinte (les modifications sont ou non mineures). On entre alors dans un examen cas par cas qui va faire la joie des avocats et experts divers. Le deuxième article traite de la description écrite de l'invention, et insiste particulièrement sur la terminologie à utiliser dans le préambule. Le problème à résoudre est celui de l'ampleur des revendications du brevet et des éléments de description indispensables à une justification de cette ampleur. Les exemples analysés sont pris dans le bréviaire des examinateurs mentionné plus haut. On peut trouver dans ce préambule les éléments de phrase "comprising", "consisting of" ou "consisting essentially of". Ils sont très importants car ils conditionnent l'ampleur des justifications. "Comprising" signifie que toute séquence comprenant une séquence donnée est couverte, quel que soit le contexte. Cela définit une famille de séquences. "consisting of" implique une couverture plus restreinte de séquences comportant uniquement la séquence revendiquée. "consisting essentially of" est un compromis où la revendication comporte la séquence plus des séquences additionnelles. La revendication est plus étroite et ne couvre plus que la séquence elle- même revendiquée, plus quelques éléments sans impact sur la fonction. L'examinateur va comparer l'ampleur de la revendication avec les justifications fournies. La revendication d'un gène implique normalement la description des séquences régulatrices et de la partie non traduite du messager, quand ceux-ci sont réellement nécessaires à une expression. Si le demandeur ne possède que l'EST ou un autre marqueur, la demande sera rejetée à cause de la revendication d'un gène. Il lui faudrait pêcher le gène à partir du marqueur, le séquencer avec tous les éléments requis pour la définition d'un gène. De toute façon il est inutile, dans ce cas, de stipuler "un gène isolé", quand "un ADN isolé" est largement suffisant. On peut compléter la description par la mention de systèmes cellulaires où la séquence peut être exprimée. Le terme "comprising" définissant une famille de séquences ("genus of DNAs") il faut prouver que d'autres séquences dans le génome comprenant celle revendiquée existent, les décrire, et ne pas se baser seulement sur un hybridation pour déduire leur existence. Celà est rarement le cas. On ne pourra alors revendiquer qu'une sonde comprenant essentiellement la séquence revendiquée. Avec les termes "consisting essentially of" la revendication a une chance d'être acceptée. En gros, il faut convaincre l'examinateur que l'on possède tous les éléments de la revendication et, sans nécessairement les lui fournir tous, donner suffisamment d'exemples de chacun des éléments de la revendication. Une difficulté à souligner est que le terme d'"allèles" dans la revendication doit être autant que possible évité. C'est, en effet, un indicatif de position dans le génome, certes intéressante pour la fonction assignée, mais pas une description de séquences pouvant être couvertes par le brevet. La combinatoire de toutes les variantes de la séquence (même celles qui sont synonymes) est énorme et on ne peut pas convaincre l'examinateur qu'on les a toutes examinées. Ces deux articles peuvent être lus avec profit par des biologistes non familiers avec le domaine des brevets, et les initier à la structure d'un brevet. Ils comprendront peut être mieux pourquoi le service des brevet les harcèle sur des points qui leur paraissent de détail. 214 La consommation de la viande des animaux issus des très nombreux échecs de clonages et autres n'est pas considérée comme comestible par la FDA. Une étude est cependant en cours pour évaluer des risques éventuels. Pendant ce temps de tels porcs de l'University of Florida à Gainesville ont été volés et joyeusement transformés en saucisses. JL Fox; Nature Biotechnology 19 (JUL01) 608. 215 Dans un effort pour être compétitive sur le plan international dans le domaine de la bioinformatique, la Communauté européenne va injecter 19,4 millions d'Euros pendant trois ans. Le renforcement des bases de données devrait permettre de lever en partie la dépendance des européens par rapport aux bases américaines. Le financement sera réparti entre 30 laboratoires dans 11 pays, mais le gros (12,9 millions) ira au European Bioinformatics Institute à Hinxton qui en a déja reçu 60 millions de l'European Molecular Biology Laboratory et du Wellcome Trust pour d'autres projets.. S Loüet; Nature Biotechnology 19 (JUL01) 608. Yüklə 391,51 Kb. Dostları ilə paylaş:
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