Oqsillarni idenfikatsiyalash resursi

Kurs ishing dolzarbligi: Ma'lumotlar bazasida asosiy tuzilishi (ketma-ketligi) ma'lum bo'lgan barcha tabiiy, yovvoyi tipdagi oqsillar haqidagi ma'lumotlar mavjud. Ma'lumotlar bazasi loyihasining asosiy maqsadi homologiya va taksonomiya bo'yicha noyob tarzda tashkil etilgan keng qamrovli, ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlarni taqdim etishdir. Ma'lumotlar bazasi ketma-ketlik ma'lumotlariga qo'shimcha ravishda: (i) oqsilning nomi va tasnifi va u tabiiy ravishda uchraydigan organizmga; (ii) ketma-ketlikni aniqlashga oid ma'lumotlarni o'z ichiga olgan asosiy adabiyotlarga havolalar; (iii) oqsilning funktsiyasi va umumiy xarakteristikalari, shu jumladan gen ekspressiyasi, translatsiyadan keyingi ishlov berish va faollashtirish; va (iv) ketma-ketlikda biologik ahamiyatga ega joylar va hududlar.
Kurs ishing maqsadi va vazifalari: Ma'lumotlar bazasi annotatsiyaning izchilligini saqlashda ham noyobdir, xususiyatlar va kalit so'zlar uchun cheklangan lug'at bilan. Ma'lumotlar nashr etilgan adabiyotlardan, PIR-Internationalga taqdim etish va GenBankga taqdim etilgan nuklein kislotalar ketma-ketligini tarjima qilish orqali to'planadi (10 ), Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi (EMBL) nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi ( 11 ) va Yaponiyaning DNK ma'lumotlar bazasi (DDBJ) ( 12 ). Ma'lumotlar bazasidagi yozuvlar quyidagi bo'limlarda tasvirlanganidek, ushbu manba ma'lumotlar bazalariga va boshqalarga o'zaro havola qilinadi.
Kurs ishing metadalogik asoslari: PIR-International Protein Sequence Database keng tarqalgan qayta taqsimlangan; u boshqa ommaviy ma'lumotlar to'plamlariga birlashtirilgan, shu jumladan Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI) ( 13 ) va SWISS-PROT ( 11) tomonidan yig'ilgan.), EMBLning Evropa Biotexnologiya Instituti (EBI) tomonidan tarqatilgan protein ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. Ma'lumotlar bazasi ko'plab ishlab chiqaruvchilar tomonidan dasturiy paketlar bilan birgalikda tarqatiladi. Garchi foydalanuvchilar ushbu dasturiy ta'minot ma'lumotlar paketlarini qulay deb topishlari mumkin bo'lsa-da, ular ta'minlangan ma'lumotlar bazasi so'nggi versiya bo'lmasligi va asl nusxada mavjud bo'lgan barcha ma'lumotlarni o'z ichiga olmasligini bilishlari kerak. (PIR-International tugunlari o'zlarining intellektual mulklariga bo'lgan barcha huquqlarni o'zida saqlab qoladi va har qanday ikkilamchi manbalar tomonidan taqdim etilgan ma'lumotlar bazasi versiyalari uchun javobgar emas.)