Organik kislotalar.Ularga atsetit, olma, uzum, oksalat va limon kislotalarini misol qilish mumkin. Organik kislotalar o'simliklarda moddalar almashinuvida, xususan nafas olishda muhim rol o'ynaydi. Ularning hujayra shirasida ko'proq to'planishi nordon ta'mni beradi.
Oshlovchi moddalar. Murakkab birikmalar bo'lib, asosan oqsillar bilan bog'langan bo'ladi. Oshlovchi moddalar fermentativ parchalanganda qand moddalari hosil bo'ladi. Oshlovchi moddalar asosan mikroblardan himoya vazifasini bajaradi shuningdek, nafas olish jarayonidagi oksidlanish reaksiyalarida ishtirok etadi.
Pigmentlar. Hujayra shirasida ko'pincha erigan holda bo'yovchi moddalar pigmentlar uchraydi. Bulardan anchagina keng tarqalgani antosian hisoblanadi. Antosian kislotali muhitda qizil rangda bo'lsa, ishqoriy muhitda ko'k rangda bo'ladi. O'simliklarning gullash davrida gullarning o'z rangini o'zgartirishi antotsian moddasining miqdoriga bog'liq.
Alkaloidlar. Ular azot tutuvchi zaharli moddalarga kiradi. Alkaloidlarga moddalar almashinuvining mahsulotlari deb qaraladi. Bularga morfin, atropin, gossipol va boshqalar kiradi.
Fitonsidlar. O'simliklarda hosil bo'luvchi organik moddalar bo'lib bakteritsidlik xususiyatiga ega. Fitonsidlar-tabiiy antibiotiklardir. O'simliklarni mikroorganizmlardan, hasharotlardan, zamburug' va sodda hayvonlardan himoya qiladi. Kimyoviy tabiatiga ko'ra fitonsidlar efir moylari, organik kislotalar, aminokislota va alkaloidlar bo'lishi mumkin. Ular suyuq va gazsimon bo'ladi. Piyozdan allitsin antibiotigi ajratib olingan, suvda yomon eriydi. Fitonsidlar odam va hayvonlarda kasallik tarqatuvchi patogenlarga ham ta'sir etadi.
Fitoaleksinlar. Ular patogen makroorganizmlar ta'sirida hosil bo'luvchi, mikroblar faoliyatini to'xtatuvchi kichik molekulali moddalardir. Fitoaleksanlar kimyoviy jihatdan izoflavonoid, seskviterpenlar polipeptidlar hosilalari hisoblanadi. Shu vaqtgacha 20-ga yaqin fitoaleksanlar o'rganilgan.
Kristallar. O'simlik barglarida hosil bo'ladi, bularga kalsiy oksalat, kalsiy karbonat va boshqalar kiradi va ular vakuolalarda uchraydi. Asosiy vazifasi o'simliklardagi ortiqcha kalsiyni neytrallashdan iborat. Chunki, ortiqcha kalsiy ionlari ta'sirida sitoplazma qovushqoqligi ortib zichlashadi va moddalar almashinuvi pasayadi.