Na meranie hĺbky morského dna na miestach so zjavnými slapovými javmi (prílivové vody) sa ako referenčný povrch používa najnižší astronomický odliv [Lowest Astronomical Tide (LAT)].
Na meranie hĺbky morského dna v morských oblastiach bez zjavných slapových javov, na otvorenom mori a vo vodách hlbších ako 200 metrov sa pre hĺbku morského dna ako referencia používa stredná hladina mora [Mean Sea Level (MSL)] alebo dobre definovaná referenčná hladina blížiaca sa k MSL.
Pre výšku referenčnej hladiny, podľa ktorej sa meria hĺbka dna vnútrozemského vodného útvaru, sa ako referencia používa vertikálny referenčný systém vztiahnutý k tiažovému poľu. Týmto systémom je Európsky vertikálny referenčný systém [European Vertical Reference System (EVRS)] pre oblasti v rámci geografického rozsahu EVRS alebo pre oblasti mimo rozsahu EVRS je to vertikálny referenčný systém vztiahnutý k tiažovému poľu stanovený členským štátom.
Keď sa uvádza integrovaný model elevácievýšky pevnina-more, modeluje sa len jedna vlastnosť elevácievýšky (buď výška alebo hĺbka), a jeho hodnoty sa priraďujú k jednému vertikálnemu súradnicovému referenčnému systému.
