Kalkınma Ajansları tarafından sağlanacak destekler, hazırlanan bölge planı, bölgesel operasyonel programlar ve yıllık çalışma programları çerçevesinde planlanır ve gerçekleştirilir. Destek programlarının yönetimindeki teknik, idari ve mali açıdan yetki ve sorumluluk Ajansa aittir. Ajanslar bu yetki ve sorumluluklarını Kalkınma Bakanlığı tarafından belirlenen usul ve esaslar doğrultusunda yerine getirirler. Kalkınma Bakanlığı ayrıca, Ajanslar arasında koordinasyonun sağlanması, destek yönetimine ilişkin olarak Ajanslara yönlendirmede bulunulması görev ve yetkilerine sahiptir.
