Geneză: În majoritatea cazurilor, transexualitatea este consecinţa unor alterări ale dezvoltării psiho-afective din primii ani de viaţă, având cauze familiale sau conjuncturale care au dereglat normala evoluţie a heterosexualităţii. Persoana în cauză nu este deci responsabilă de propria situaţie, necesitând o atenţie pastorală specială.55
Dacă copilul nu achiziţionează o clară identitate sexuală, din motive conjuncturale sau biologice, dobândeşte o anumită incetitudine psihologică şi o anumită ambiguitate privitoare la propria sexualitate, care pot să se menţină latente, sau, ca urmare a unor circumstanţe dezlănţuitoare (traume, frustrări etc.) să ducă la transexualitate.