Aucune commune n’est dotée de réseau d’assainissement. À Bakel, les eaux pluviales sont évacuées suivant la pente naturelle vers le fleuve Sénégal et à Kédougou vers le fleuve Gambie.
L’assainissement communautaire qui consiste en la gestion collective des problèmes d’assainissement dans les zones à forte concentration humaine par la mise en place de système de collecte et d’évacuation des eaux usées et de station d’épuration. Ce dispositif est inexistant dans les différentes communes de la région de Tambacounda.
L’assainissement individuel qui consiste en la mise en place d’un système individuel d’élimination des excréta est couramment utilisés avec les fosses septiques, les latrines traditionnelles et améliorées et les puisards.
Dans la commune de Tambacounda, les eaux de pluies par gravitation sont évacuées naturellement vers les lits cours d’eau du fleuve Sénégal, de la Gambie ou du marigot Mamacounda (qui traverse la ville de Tambacounda et joue la fonction principale de collecte naturelle des eaux pluviales). L’usage des fosses traditionnelles (latrines) est généralisé dans la commune et, avec la prolifération des puits, les risques de contamination sont élevés.
Le péril fécal aussi constitue un problème réel d’assainissement en milieu rural. En effet, l’usage de latrines appropriées n’est pas encore généralisé et on dénote que 44.6 % des ménages font leur aisance dans la nature. Cependant, des interventions d’Organisations Non Gouvermentale, et d’autres organismes onusiens dans la lutte contre le ver de Guinée et contre le péril fécal ont permis la réalisation de systèmes individuels d’assainissements.
