Le CGI est une équipe restreinte (une trentaine de personnes) placée auprès du Premier Ministre. En dehors des fonctions transverses et de support, neuf directeurs de programmes, assistés le cas échéant d’un voire de deux conseillers chacun, suivent l’ensemble des 35 actions du PIA.
Pour préserver la légèreté de cette organisation tout en renforçant son expertise, le CGI a souhaité pouvoir s’appuyer sur des compétences externes. Ont ainsi été constitués six comités consultatifs thématiques et un comité consultatif transversal.
Les comités consultatifs couvrent les thématiques suivantes : enseignement supérieur, recherche et formation ; filières industrielles ; sciences du vivant et santé - biotechs ; énergies décarbonées ; ville durable ; société numérique.
Ils rassemblent des personnalités qualifiées indépendantes (moins d’une dizaine par comité), ayant signé une charte de déontologie couvrant notamment les questions de confidentialité et de conflits d’intérêt. Les comités consultatifs ne font pas partie du CGI, n’ont aucune responsabilité opérationnelle et leurs membres ne sont pas rémunérés. Les comités consultatifs fournissent un conseil au CGI lors des différentes phases de son action. Ils ne constituent pas des « jurys bis » et n’interfèrent en aucune manière avec les procédures de décision prévues dans les conventions avec les opérateurs. Les comités consultatifs sont réunis à l’initiative des directeurs de programmes, qui leur présentent les enjeux, difficultés, questions de principe du moment dans leurs domaines respectifs afin de recueillir leurs avis d’experts. Il s’agit de délibérations informelles ne faisant l’objet ni de compte rendu formel ni a fortiori de relevé de décisions.
Sur le même principe, un comité consultatif transversal, composé des six présidents des comités thématiques et de cinq personnalités qualifiées ayant été membres de la Commission Juppé - Rocard se réunit deux à trois fois par trimestre, pour débattre des questions transversales apparues dans la mise en œuvre du programme.
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