Les projets retenus avec un avis favorable du Comité de pilotage et de suivi, et ayant fait l'objet d'une décision par le Premier ministre font l'objet d'une convention particulière avec le maître d'ouvrage porteur de projet. Elles sont suivies selon les procédures éprouvées de l'opérateur.
Ces conventions précisent l'échéancier de financement des projets en fonction de l'avancement des réalisations et actions envisagées. Le date récente de validation des premiers projets fait que les premières conventions sont en cours de discussion, aucune n'ayant encore aboutie.